Le microbiome intestinal et le résistome des porcs élevés de manière conventionnelle et des porcs élevés en pâturage

Citation

Holman, D.B., Gzyl, K.E., Kommadath, A. (2023). Le microbiome intestinal et le résistome des porcs élevés de manière conventionnelle et des porcs élevés en pâturage. Microbial genomics, [online] 9(7), http://dx.doi.org/10.1099/mgen.0.001061

Résumé en langage clair

L’utilisation d’antimicrobiens dans la production porcine demeure une grave préoccupation en raison de son lien possible avec le développement et la persistance de la résistance aux antimicrobiens. En Amérique du Nord, la plupart des porcs commerciaux sont élevés à l’intérieur avec des densités de peuplement élevées, tandis qu’un petit segment du secteur porcin pratique l’élevage de porcs en plein air dans des pâturages. Cependant, très peu est connu au sujet de l’effet de ces deux systèmes de gestion sur la communauté microbienne intestinale des porcs et la résistance aux antimicrobiens. Cette étude montre que les porcs élevés à l’extérieur dans des pâturages ont des microbiomes intestinaux très différents de ceux des porcs élevés de manière conventionnelle et logés à l’intérieur et que les systèmes de gestion des porcs peuvent avoir des impacts importants sur le microbiome et la résistance aux antimicrobiens dans l'intestin des porcs. De plus, même en l’absence d’une exposition directe aux antimicrobiens, les porcs élevés de manière conventionnelle portent une plus grande abondance de gènes de résistance aux antimicrobiens dans leur intestin.

Résumé

Dans la production porcine conventionnelle, les porcs sont généralement hébergés à l’intérieur et en grands groupes, tandis que les porcs élevés en pâturage sont élevés en plein air avec des densités de peuplement plus faibles. L’utilisation d’antimicrobiens diffère également : les porcs élevés de manière conventionnelle sont souvent exposés à des antimicrobiens, directement ou indirectement, pour contrôler et prévenir les maladies infectieuses. Cependant, l’utilisation d’antimicrobiens peut être associée au développement et à la persistance de la résistance aux antimicrobiens. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage métagénomique aléatoire pour comparer les microbiomes intestinaux et les résistomes des porcs élevés à l’intérieur dans des exploitations conventionnelles avec ceux des porcs élevés à l’extérieur dans des pâturages. Les compositions microbiennes et les résistomes des deux groupes de porcs étaient significativement différents les uns des autres. Les espèces bactériennes telles que Intestinibaculum porci, Pseudoscardovia radai et Sharpea azabuensis étaient relativement plus abondantes dans les microbiomes intestinaux des porcs élevés en pâturage, tandis que les espèces Hallella faecis et Limosilactobacillus reuteri étaient plus abondantes chez les porcs élevés de manière conventionnelle. Les gènes de résistance aux antimicrobiens (GRA) étaient significativement plus prévalents chez les porcs élevés de manière conventionnelle pour presque toutes les classes d’antimicrobiens, y compris les aminoglycosides, les bêta-lactamines, les macrolides-lincosamides-streptogramines B et les tétracyclines. Sur le plan fonctionnel, les microbiomes intestinaux des deux groupes de porcs différaient également de manière significative au chapitre du profil CAZyme, certaines familles de CAZyme associées à la dégradation de la mucine de l’hôte étant enrichies dans les microbiomes des porcs conventionnels. Nous avons également récupéré 1 043 génomes assemblés par métagénome au niveau de la souche (complets à au moins 90 % et présentant moins de 5 % de contamination) afin de fournir un contexte taxonomique pour des GRA et des fonctions métaboliques spécifiques. Dans l’ensemble, l’étude donne un aperçu des différences entre les microbiomes intestinaux et les résistomes des porcs élevés selon deux systèmes de production très différents.

Date de publication

2023-07-01