Le génotypage par séquençage révèle trois QTL associés à la résistance à la hernie causée par six pathotypes de Plasmodiophora brassicae chez le Brassica rapa

ABSTRACT (FR)
© Les auteurs, 2017. La hernie causée par le Plasmodiophora brassicae est une maladie importante des cultures du genre Brassica dans le monde entier. Des individus de la F1 issus du croisement des lignées de Brassica rapa T19 (résistante) et ACDC (sensible) ont été rétrocroisés avec ACDC, puis autopollinisés pour produire des lignées BC 1 S 1. À partir du génotypage par séquençage des lignées parentales et des plantes BC 1, environ 1,32 millions (M) de séquences de T19 ont été alignées au génome de référence du B. rapa avec une couverture de 0,4 fois, et 1,77 M de séquences avec une couverture de 0,5 fois chez ACDC. Le nombre de lectures courtes alignées par plante BC 1 variait de 0,07 à 1,41 M de séquences avec une couverture de 0,1 fois. Un total de 1 584 locus de polymorphisme mononucléotidique (SNP) de haute qualité ont été obtenus, répartis sur 10 chromosomes. Un seul QTL colocalisé, désigné Rcr4 sur le chromosome A03, conférait une résistance aux pathotypes 2, 3, 5, 6 et 8. Un maximum a été atteint au locus de SNP A03 23710236, où les valeurs du logarithme du rapport des cotes étaient de 30,3 à 38,8, avec une variation phénotypique expliquée (PVE) de 85 95 %. Deux QTL associés à la résistance à un nouveau pathotype 5x de P. brassicae, désignés Rcr8 sur le chromosome A02 et Rcr9 sur le chromosome A08, ont été détectés avec des valeurs de 15,0 et de 15,8, et avec une PVE de 36 % et 39 %, respectivement. Une analyse de ségrégation en mélange a été effectuée pour examiner les protéines TIR-NBS-LRR dans les régions où se trouvent les QTL.