Le génotypage par séquençage a renforcé l’analyse de la diversité génétique de l’avoine jordanienne sauvage apparentée Avena sterilis

© 2018, la Couronne. Les progrès récents des technologies de séquençage de nouvelle génération rendent le génotypage par séquençage (GBS) plus pratique pour la caractérisation moléculaire du matériel génétique végétal à génome complexe et non séquencé. Dans le cadre de la présente étude, nous avons appliqué la technologie du GBS pour évaluer la diversité génétique de 275 sujets sauvages apparentés à l’avoine hexaploïde (Avena sterilis) prélevés dans 24 populations naturelles de Jordanie. Les ADN génomiques totaux ont été extraits et digérés avec les enzymes de restriction PstI et MspI. Trois cycles de séquençage Illumina MiSeq ont généré 556 fichiers FASTQ à extrémités appariées avec 127 128 438 séquences brutes. L’analyse bioinformatique a permis de déterminer une matrice informative de 275 échantillons × 12 999 marqueurs SNP. L’analyse a révélé que 52,4 % de la variation des SNP réside dans 24 populations et huit grands groupes génétiques des échantillons. La plupart des échantillons ont été regroupés au sein de leurs populations d’origine. Nous avons constaté une association significative entre les distances génétiques des populations par paires et les différences latitudinales ou longitudinales. Deux populations naturelles se distinguaient fortement des autres, et 30 échantillons d’A. sterilis très distincts provenant de sept populations ont été identifiés. Ces résultats sont utiles pour comprendre la variabilité génétique et la conservation des populations naturelles d’ A. sterilis, et ils démontrent les progrès de l’application du GBS pour la caractérisation du matériel génétique de plantes sauvages apparentées à génome complexe.