L’analyse génomique des larves de taupins (Coleoptera: Elateridae) révèle des espèces cryptiques présumées, la structure des populations et l’adaptation à la lutte antiparasitaire

Les larves des taupins (Coleoptera: Elateridae), également connues sous le nom de « vers fil-de-fer », sont des ravageurs agricoles qui causent de plus en plus de dommages économiques aux cultures de céréales, de pommes de terre et de légumes dans le monde entier. En Colombie-Britannique, en Alberta, au Montana et dans le nord-ouest du Pacifique, certaines des espèces de ravageurs les plus importantes appartiennent au genre Limonius, en particulier L. californicus, L. infuscatus et L. canus. La biologie de ces espèces est mal comprise et il est difficile de les distinguer morphologiquement. Dans le présent article, nous présentons les résultats d’un projet dirigé par l’Université de l’Idaho, dans le cadre duquel des spécimens des trois espèces, prélevés dans différentes provinces et différents États, ont été séquencés et comparés. Nous avons ainsi pu produire le premier assemblage génomique d’une espèce de larve de taupin nuisible (L. californicus) et, à l’aide de marqueurs pangénomiques (RADseq) et de l’écrémage du génome, nous avons étudié la structure des populations et les relations phylogénétiques de ces trois espèces dans cette région. Il semble que les espèces L. californicus et L. infuscatus soient toutes deux composées de groupes génétiquement distincts mais morphologiquement indiscernables, et qu’elles pourraient donc être considérées comme des complexes d’espèces cryptiques. L’analyse du génome à des fins de sélection fournit également des données probantes sur l’adaptation associée à différents traitements aux pesticides dans le cadre d’un essai agricole sur le terrain pour L. canus. Ces résultats démontrent que les outils génomiques peuvent aider à l’élaboration de stratégies efficaces de lutte contre les larves de taupins. Ces données pourraient être utilisées dans la mise au point d’amorces spécifiques d’espèces pouvant servir à l’identification rapide d’espèces par PCR. Conjugués aux recherches que mène actuellement AAC sur la mise au point de nouvelles phéromones sexuelles pour ces espèces, de tels outils d’identification augmenteront considérablement notre capacité de lutte contre ces ravageurs.