L'âge du sevrage et son effet sur le développement du microbiome intestinal et du résistome du porc

Citation

Holman, D.B., Gzyl, K.E., Mou, K.T., Allen, H.K. Weaning age and its effect on the development of the swine gut microbiome and resistome. mSystems, [online] 6(6), http://dx.doi.org/10.1128/mSystems.00682-21

Résumé en langage clair

Les porcelets sont brusquement séparés de la truie au moment du sevrage, et leur alimentation passe rapidement du lait de la truie à un régime à base de végétaux. Bien qu’il s’agisse de la plus importante période dans la production commerciale de porcs, on connaît très peu les effets de l’âge du sevrage sur le développement à long terme du microbiome intestinal des porcs. Le séquençage métagénomique permet une évaluation du microbiome intestinal des porcs à plus haute résolution ainsi que la caractérisation du résistome. Dans le cas présent, nous avons utilisé le séquençage métagénomique pour identifier les espèces bactériennes ayant été enrichies après le sevrage, ce qui pourrait fournir des cibles pour de futures études de manipulation. De plus, selon le profil fonctionnel du microbiome, l’abondance relative de nombreuses enzymes glucidiques et métaboliques diminue après le sevrage. Cette étude souligne aussi les défis à relever pour réduire la résistance antimicrobienne chez les porcs, car les gènes conférant la résistance aux tétracyclines et aux macrolides sont demeurés relativement stables de l’âge de 7 jours jusqu’à l’atteinte du poids de marché à 140 jours, malgré l’absence d’exposition aux antimicrobiens.

Résumé

En Amérique du Nord, les porcelets sont souvent sevrés entre 19 et 22 jours, mais le sevrage peut se faire à 14 jours ou moins dans certains élevages porcins. Les porcelets sont brusquement séparés de la truie au moment du sevrage, et leur alimentation passe rapidement du lait de la truie à un régime à base de végétaux. On connaît très peu les effets de l’âge au moment du sevrage sur le développement à long terme du microbiome intestinal des porcs. Dans le cas présent, les porcs ont été sevrés à 14, à 21 ou à 28 jours, et des échantillons fécaux ont été prélevés 20 fois à partir du 4e jour (néonatal) jusqu’à la commercialisation à 140 jours. Le microbiome fécal a été caractérisé par séquençage des gènes ARNr 16s et séquençage métagénomique aléatoire. Le microbiome fécal de tous les porcelets a évolué de façon importante trois à sept jours après le sevrage, et la diversité microbienne a augmenté. L’abondance relative de plusieurs espèces du genre Prevotella a augmenté immédiatement après le sevrage, tout comme des espèces productrices de butyrate, notamment Butyricicoccus porcorum, Faecalibacterium prausnitzii et Megasphaera elsdenii. Dans les sept jours suivant le sevrage, le microbiome intestinal des porcelets sevrés à 21 et à 28 jours ressemblait à celui des porcelets sevrés à 14 jours. L’abondance relative des gènes de résistance à la plupart des classes d’antimicrobiens a diminué après le sevrage, à l’exception de ceux qui confèrent une résistance aux tétracyclines et aux macrolides‑lincosamides‑streptogramines B. L’abondance relative des enzymes à activité glucidique (« CAZymes ») microbiennes a considérablement changé après la période de sevrage, avec un enrichissement des enzymes à activité glucidique intervenant dans la dégradation des polysaccharides d’origine végétale. Ces résultats démontrent que le microbiome intestinal des porcs a tendance à changer de manière prévisible après le sevrage et que l’âge du sevrage n’a qu’un effet temporaire sur ce microbiome.

Date de publication

2021-11-23

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