La diversité de la communauté bactérienne du sol dépend de l’emplacement et du temps, mais non du cultivar de pomme de terre.
Citation
Nahar, K., Floc’h, J.B., Goyer, C., Zebarth, B.J., Whitney, S. (2020). Diversity of soil bacterial community is influenced by spatial location and time but not potato cultivar. Phytobiomes Journal, [online] 4(3), 225-238. http://dx.doi.org/10.1094/PBIOMES-01-20-0002-R
Résumé en langage clair
La gale commune de la pomme de terre cause des lésions brunâtres sur les tubercules, ce qui entraîne d’importantes pertes économiques chaque année au Canada. Les cultivars de pomme de terre peuvent être très tolérants à cette maladie, mais aucun n’y est complètement résistant. Les deux espèces qui causent le plus souvent la gale en Amérique du Nord sont Streptomyces scabies et Streptomyces europaeiscabiei. Une étude précédente a montré qu’il y avait cinq à six fois plus d’espèces de Streptomyces pathogènes dans le sol autour des racines des cultivars sensibles que dans celui des cultivars tolérants. La présente étude visait à déterminer si le cultivar de pomme de terre influe sur la diversité des communautés bactériennes du sol et, par conséquent, sur l’abondance des Streptomyces pathogènes qui s'y trouvent. Plus précisément, nous avons évalué la diversité des communautés bactériennes de cultivars de pomme de terre sensibles à la gale commune (Agria et Green Mountain) et tolérants (Goldrush et Hindenburg) dans le sol situé près de la plante, la rhizosphère et le sol à la surface des tubercules en 2013 et 2014. La diversité des communautés bactériennes variait significativement selon l’année (2013 vs 2014), selon la date (juillet vs août) et selon l'emplacement (sol situé près de la plante, rhizosphère, sol à la surface des tubercules), mais elle ne variait pas entre les cultivars. Les résultats montrent que la diversité des communautés bactériennes du sol change dans le temps et dans l’espace, mais l’absence d’effet du cultivar de pomme de terre sur la diversité bactérienne semble indiquer que cette diversité n’a pas d’effet sur la croissance des espèces pathogènes de Streptomyces.
Résumé
© Sa Majesté la Reine du chef du Canada, représentée par le ministre de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire du Canada, 2020. On a déjà signalé que la rhizosphère des cultivars de pomme de terre sensibles à la gale commune hébergeaient cinq à six fois plus d’espèces pathogènes de Streptomyces que les cultivars tolérants. On ne sait toujours pas très bien si la diversité des communautés bactériennes du sol est liée à l’abondance des espèces pathogènes de Streptomyces. Dans la présente étude, nous avons évalué les effets du cultivar de pomme de terre sur la diversité des communautés bactériennes à trois emplacements (sol situé près de la plante, dans la rhizosphère et dans la géocaulosphère) en 2013 et 2014. Des cultivars tolérants (Goldrush et Hindenburg) et sensibles (Green Mountain et Agria) à la gale commune ont été semés dans un champ infesté d'espèces de Streptomyces causant la gale commune. Selon une analyse de variance multivariée par permutation, la biodiversité des communautés bactériennes était significativement différente d'une année à l'autre ainsi que selon la date dans une même année. La biodiversité variait également de manière significative selon l'emplacement (c.-à-d. sol situé près de la plante, rhizosphère et géocaulosphère), probablement en raison de changements dans les propriétés du sol. Mais cette biodiversité ne changeait pas de manière significative entre les cultivars. En 2014, l’architecture du réseau bactérien de la rhizosphère était plus complexe qu’en 2013, le nombre de bactéries ayant été multiplié par 2,5 selon une analyse des cooccurrences. Ces résultats indiquent que la diversité des communautés bactériennes du sol change dans le temps et dans l’espace. Cependant, la diversité et la richesse des communautés bactériennes ne variaient pas en fonction du cultivar de pomme de terre, ce qui laisse supposer qu’il n’y a pas de relation entre la diversité ou la richesse des communautés bactériennes et l’abondance des Streptomyces pathogènes.