La digestion des fibres par le microbiote du rumen – Une revue des études récentes en métagénomique et en métatranscriptomique

©Sa Majesté la Reine du chef du Canada, 2019. La biomasse végétale est la ressource renouvelable la plus abondante de la planète, et les biopolymères de la lignocellulose sont à la base des systèmes de production de ruminants. L’optimisation de la saccharification des aliments lignocellulosiques destinés aux ruminants est une étape cruciale dans leur bioconversion en protéines. Les parois cellulaires des plantes sont des structures chimiquement hétérogènes qui ont évolué pour fournir un soutien structural et une protection à la plante. Les ruminants sont les digesteurs les plus efficaces de la lignocellulose grâce à un riche éventail de bactéries, d’archées, de champignons et de protozoaires dans le rumen et le tube digestif inférieur. Les études de métagénomique et de métatranscriptomique ont permis de mieux comprendre la composition, la diversité et la fonction du microbiome ruminal. Il est particulièrement intéressant d’identifier les enzymes à activité glucidique responsables de la dégradation ruminale de la biomasse végétale. La compréhension du rôle des cellulosomes et des locus d’utilisation des polysaccharides dans la dégradation ruminale des fibres pourrait fournir des données pour les stratégies visant à améliorer l’utilisation du fourrage par les ruminants. Malgré les progrès des technologies « omiques », la majorité des microorganismes du rumen ne sont toujours pas caractérisés et leur capacité à agir en synergie n’est toujours pas comprise. En faisant progresser nos connaissances sur la digestion des fibres dans le rumen, on pourrait peut-être améliorer encore le rendement des ruminants nourris au fourrage.