Integrated consensus genetic and physical maps of flax (Linum usitatissimum L.)

Nous avons construit trois cartes de liaison du lin (Linum usitatissimum L.) avec des populations de CDC Bethune/Macbeth, d’E1747/Viking et de SP2047/UGG5-5 contenant chacune de 385 à 469 marqueurs cartographiés. Pour construire la première carte consensus du lin, nous avons intégré 770 marqueurs dont 371 étaient communs : 114 se retrouvaient chez les trois populations et 257, chez au moins deux populations. La carte du groupe de liaison 15 correspond au nombre haploïde de chromosomes de l’espèce. Dans la carte de consensus, l’ordre des marqueurs était fortement colinéaire à celui des trois cartes individuelles, même s’il y avait quelques inversions locales et réarrangements de marqueurs sur de courtes distances. Nous avons constaté, dans tous les groupes de liaison, une distorsion de la ségrégation dans tous les groupes de liaison qui comprenaient 1–52 marqueurs présentant une ségrégation non mendélienne. La longueur totale de la carte de consensus est de 1551 cM et la densité moyenne des marqueurs, de 2,0 cM. En tout, 670 marqueurs ont été ancrés à 204 des 416 contigs de la carte physique, ce qui correspond à environ 274 Mb ou 74 % du génome du lin estimé à 370 Mb. Cette carte de consensus à haute résolution servira dans les études de génomique comparative, de l’organisation des génomes, de l’évolution et de l’ancrage de la séquence du génome entier obtenue par séquençage aléatoire global (shotgun).