Identification rapide des espèces Erwinia amylovora et Pseudomonas syringae et caractérisation de la résistance d’E. amylovora à la streptomycine par PCR quantitative

© Sa Majesté la Reine du chef du Canada. Erwinia amylovora et Pseudomonas syringae sont des bactéries phytopathogènes responsables de pertes de rendement considérables dans la production commerciale de fruits à pépins. Les agents pathogènes, s’ils ne sont pas traités, peuvent compromettre la santé des arbres et avoir des répercussions économiques sur l’ensemble de la production fruitière commerciale. Historiquement, le choix de méthodes de lutte efficaces a été limité. L’utilisation d’antibiotiques a été proposée comme méthode de lutte efficace. L’identification de ces pathogènes et le dépistage de la résistance aux antibiotiques sont des éléments primordiaux pour l’adoption et la mise en œuvre de méthodes de lutte contre les maladies. Des tests moléculaires ont été mis au point et approuvés pour l’identification et la caractérisation de ces organismes pathogènes. Nous avons amélioré les tests moléculaires existants en mettant au point des méthodes d’une robustesse équivalente ou supérieure pour l’identification d’E. amylovora ou de P. syringae, tout en étant plus rapides. De plus, la méthode de détection d’ E. amylovora fondée sur la PCR en temps réel a fourni des renseignements complémentaires sur la sensibilité ou la résistance à la streptomycine des isolats individuels. Enfin, nous décrivons une méthodologie et des résultats permettant de comparer l’agressivité des différents isolats bactériens sur quatre cultivars de pommiers. Nous montrons que les isolats bactériens présentent des comportements différents lorsqu’ils sont mis en contact avec diverses variétés de pommiers et que le regroupement hiérarchique de la gravité des symptômes indique une structure de population, ce qui laisse à penser qu'il y a une base génétique à la spécificité du cultivar hôte.