Identification d’une nouvelle variation au locus J, précédemment identifié comme étant e6, chez le soja ‘Paranagoiana’ à stade juvénile prolongé

Citation

Nissan, N., Cober, E.R., Sadowski, M., Charette, M., Golshani, A., Samanfar, B. (2021). Identifying new variation at the J locus, previously identified as e6, in long juvenile ‘Paranagoiana’ soybean. Theoretical and Applied Genetics (TAG), [online] 134(4), 1007-1014. http://dx.doi.org/10.1007/s00122-020-03746-2

Résumé en langage clair

Les graines de soja contiennent de grandes quantités d’huile et de protéines, ce qui en fait une culture importante et précieuse pour l’alimentation humaine et animale. De plus, il s’agit de l’une des principales cultures exportées dans de nombreux pays, représentant des milliards de dollars d’exportations chaque année. Le soja est une plante à jours courts, ce qui signifie qu’elle fleurit plus rapidement lorsque la durée du jour est de 12 heures ou moins. Pour l’adaptation en milieu tropical, il est important de déterminer les gènes responsables du retard de la floraison dans des conditions de jours courts, ce qui permet une période de croissance plus longue et une augmentation du rendement. Il a été établi que deux grandes régions d’ADN (loci) jouent un rôle dans le retard de la floraison dans des conditions de jours courts, E6 et J. Ces deux loci ont toujours été mentionnés ensemble dans la littérature, et on ignore s’ils représentaient deux gènes distincts, ou s’il s'agissait du même gène. Nous avons déterminé que E6 est une variation allélique de J et l'avons considéré comme étant « j-x », ce qui comble une lacune de connaissance et répond à la question qui intrigue les biologistes du soja depuis des années. Ces travaux nous permettront de mieux connaître les variétés de soja présentant ce trait de floraison retardée. À l’avenir, nous prévoyons de continuer à rechercher les gènes et les allèles intervenant dans les traits d’importance économique qui aident les producteurs de soja.

Résumé

© 2021, la Couronne. Message clé : Un locus associé à la maturité du soja déjà identifié, E6, a été trouvé et est considéré comme étant J, et l’allèle du soja Paranagoiana au stade juvénile prolongé est maintenant considéré comme j−x. Résumé : Le soja cultivé à des latitudes d’environ 20° ou moins peut produire des rendements en grains plus faibles en raison de la durée courte des jours. On peut éviter ce problème en utilisant le trait juvénile prolongé (LJ) qui retarde la floraison dans des conditions où les jours sont écourtés. Deux loci LJ ont été cartographiés au même endroit aux locus Gm04, J et E6. L’objectif de cette recherche était d’étudier l’allèle e6 chez ‘Paranagoiana’ et de déterminer si E6 et J sont un même locus ou des loci liés. Les marqueurs KASP ont montré que les lignées e6 ne possédaient pas l’allèle j−1 de LJ PI 159925. Une population fixe pour E1 mais ségrégant pour E6, et le locus e6 ayant été reçu de Paranagoiana, a montré un contrôle par un gène unique pour la floraison et la maturité lors des jours courts. Le séquençage de Glyma.04G050200, le gène J, avec amplification longue par la Taq a révélé que la lignée e6 de ‘Paranagoiana’ contient un rétrotransposon Ty1-copia d’environ 10 000 pb, inséré dans l’exon 4. L’amplification par PCR de l’ADNc de Glyma.04G050200 a également montré des différences entre les séquences d’ARNm (présence d’insertion dans le locus j−x). Par conséquent, nous concluons que les loci E6 et J constituent un seul locus et considérons cette nouvelle variation trouvée chez Paranagoiana comme étant j−x.

Date de publication

2021-04-01