Identification des génotypes dominants de Phytophthora infestans au Canada par PCR en temps réel avec des épreuves ASO-PCR
Citation
Gagnon, M.C., Kawchuk, L., Mathieu Tremblay, D., Carisse, O., Danies, G., Fry, W.E., Lévesque, C.A., Bilodeau, G.J. (2016). Identification of the dominant genotypes of phytophthora infestans in Canada using real-time PCR with ASO-PCR Assays, 100(7), 1482-1491. http://dx.doi.org/10.1094/PDIS-07-15-0763-RE
Résumé en langage clair
Phytophthora infestans (Pi), un oomycète pathogène responsable du mildiou de la pomme de terre et de la tomate, a des effets dévastateurs dans le monde entier. La composition génétique des populations de Pi au Canada a considérablement changé au cours des dernières années. Des marqueurs génétiques permettant une évaluation rapide des types à partir de petites quantités de matériel biologique seraient bénéfiques pour la détection précoce de cet agent pathogène et la lutte contre celui-ci partout au Canada. En ce qui concerne la lutte contre le mildiou, une alerte hâtive au sujet des types de Pi qui sont présents dans les champs de pommes de terre et de tomates aiderait les producteurs à choisir les fongicides et les stratégies d’application les plus appropriés.
Résumé
© 2016 The American Phytopathological Society. Phytophthora infestans, un oomycète pathogène responsable du mildiou de la pomme de terre et de la tomate, a des effets dévastateurs dans le monde entier. La composition génétique des populations de P. infestans au Canada a considérablement changé au cours des dernières années, avec l’apparition de plusieurs nouveaux génotypes présentant différents modes de reproduction et une sensibilité au métalaxyl, un fongicide. Des marqueurs génétiques permettant une évaluation rapide des génotypes à partir de petites quantités de matériel biologique seraient bénéfiques pour la détection précoce de cet agent pathogène et la lutte contre celui-ci partout au Canada. L’exploration du génome du P. infestans a révélé que plusieurs régions renfermaient des polymorphismes mononucléotidiques (SNP) dans les gènes nucléaires et dans les régions flanquant des locus microsatellites. Nous avons mis au point des épreuves de réaction en chaîne de la polymérase faisant intervenir des oligonucléotides spécifiques d’allèles (ASO-PCR) à partir de 14 des 50 SNP trouvés par séquençage. Neuf épreuves d’ASO-PCR optimisées ont été validées à l’aide d’un test en aveugle comprenant P. infestans et d’autres espèces du genre Phytophthora. Les épreuves ont révélé des profils diagnostiques distincts pour chacun des cinq génotypes dominants présents au Canada. Les marqueurs mis au point dans le cadre de la présente étude pourront être utilisés avec des échantillons environnementaux comme les feuilles infectées, et ils enrichiront la panoplie d’outils génomiques permettant d’évaluer la diversité génétique de P. infestans à l’échelle intraspécifique. En ce qui concerne la lutte contre le mildiou, une alerte hâtive au sujet des génotypes de P. infestans qui sont présents dans les champs de pommes de terre et de tomates aiderait les producteurs à choisir les fongicides et les stratégies d’application les plus appropriés.