HybProbes-based real-time PCR assay for specific identification of Streptomyces scabies and Streptomyces europaeiscabiei, the potato common scab pathogens

Le but de cette étude était d’élaborer et de valider un essai PCR en temps réel avec sondes HybProbe ciblant le gène trpB en vue de l’identification spécifique du S. scabies et du S. europaeiscabiei. Quatre paires d’amorces et une sonde fluorescente ont été mises au point et évaluées du point de vue de la spécificité de l’identification du S. scabies et du S. europaeiscabiei, deux agents pathogènes causant la gale commune chez la pomme de terre. La spécificité de l’essai PCR en temps réel avec sondes HybProbe a été évaluée à l’aide de 46 souches bactériennes, 23 souches de Streptomyces et 23 espèces bactériennes n’appartenant pas au genre Streptomyces. Des signaux de fluorescence spécifiques et forts ont été détectés chez les 9 souches de S. scabies et de S. europaeiscabiei. Aucun signal de fluorescence n’a été détecté chez 14 souches d’autres espèces de Streptomyces et chez toutes les souches d’espèces n’appartenant pas au genre Streptomyces. L’identification a été corroborée à l’aide de l’analyse de la courbe de fusion qui a été effectuée immédiatement après l’étape de l’amplification. Huit des neuf souches de S. scabies et de S. europaeiscabiei affichaient un pic de fusion unique à une Tm de 69,1 °C, alors qu’une souche, Warba-6, affichait un pic de fusion à une Tm de 65,4 °C. Cette différence dans les pics de Tm pourrait être attribuée à une mutation de la guanine à la cytosine chez la souche Warba-6 dans la région renfermant la sonde HybProbe du donneur. L’essai avec sondes HybProbe fournit un outil plus spécifique pour l’identification exacte des souches de S. scabies et de S. europaeiscabiei.