GrainGenes : Ressources centralisées pour les petits grains et plateforme numérique pour les généticiens et les sélectionneurs

Citation

Blake, V.C., Woodhouse, M.R., Lazo, G.R., Odell, S.G., Wight, C.P., Tinker, N.A., Wang, Y., Gu, Y.Q., Birkett, C.L., Jannink, J.L., Matthews, D.E., Hane, D.L., Michel, S.L., Yao, E., Sen, T.Z. (2019). GrainGenes: Centralized small grain resources and digital platform for geneticists and breeders. Database: The Journal of Biological Databases and Curation, [online] 2019(1), http://dx.doi.org/10.1093/database/baz065

Résumé en langage clair

GrainGenes (https://wheat.pw.usda.gov ou https://graingenes.org) est un dépôt international centralisé pour les ensembles de données organisés et examinés par les pairs qui est utile aux chercheurs travaillant sur le blé, l’orge, le seigle et l’avoine. GrainGenes gère des ensembles de données génomiques, génétiques sur le matériel génétique et phénotypiques au moyen d’une interface Web générée dynamiquement pour faciliter la découverte de données. Depuis 1992, GrainGenes sert des généticiens et des sélectionneurs des secteurs public et privé sur six continents. Récemment, plusieurs nouveaux ensembles de données ont été ajoutés à la base de données avec de nouveaux outils d’analyse. La page d’accueil GrainGenes a été améliorée pour qu'elle soit plus intuitive sur le plan visuel et au moyen de l'ajout de liens vers des pages couramment utilisées.

Résumé

© 2019 Publié par Oxford University Press 2019. GrainGenes (https://wheat.pw.usda.gov or https://graingenes.org) est un dépôt centralisé international d’ensembles de données évalués par des pairs, qui sont utiles aux chercheurs qui travaillent sur le blé. l’orge, le seigle et l’avoine. GrainGenes gère des ensembles de données génomiques, génétiques, de matériel génétique et phénotypiques au moyen d’une interface Web générée de manière dynamique pour faciliter la découverte de données. Depuis 1992, GrainGenes est au service des généticiens et des sélectionneurs des secteurs public et privé sur six continents. Récemment, plusieurs nouveaux ensembles de données ont été enregistrés dans la base de données ainsi que de nouveaux outils d’analyse. La page d’accueil de GrainGenes a été améliorée pour qu'elle soit plus intuitive sur le plan visuel et des liens vers des pages couramment utilisées ont été ajoutés. Plusieurs assemblages de génomes et pistes génomiques sont affichés dans les navigateurs génomiques de GrainGenes, y compris l'assemblage génomique Triticum aestivum (blé panifiable) cv. Chinese Spring IWGSC RefSeq v1.0, l’assemblage génomique Aegilops tauschii (progéniteur à génome D) Aet v4.0, l'assemblage génomique Triticum turgidum ssp. dicoccoides (blé amidonnier sauvage) cv. Zavitan WEWSeq v.1.0, un pangénome T. aestivum (blé panifiable), l'assemblage génomique Hordeum vulgare (orge) cv. Morex IBSC, l'assemblage de sélection Lo7 Secale cereale (seigle), un assemblage hexaploïde partiel d’Avena sativa (avoine) et l'assemblage génomique du Triticum durum cv. Svevo (blé dur) RefSeq version 1.0. De nouvelles cartes génétiques et de nouveaux marqueurs ont été ajoutés et peuvent être affichés par CMAP. Les loci des caractères quantitatifs, les cartes génétiques et les gènes du catalogue des gènes du blé sont indexés et reliés par l’intermédiaire du portail Wheat Information System (WheatIS). Des vidéos de formation ont été créées pour aider les utilisateurs à rechercher et à obtenir les données dont ils ont besoin. Les outils GSP (Genome Specific Primers) et PIECE2 (Plant Intron Exon Comparison and Evolution) ont été mis en œuvre et sont disponibles. À mesure que de plus en plus de séquences de référence pour les petits grains deviendront disponibles, GrainGenes jouera un rôle de plus en plus vital en aidant les chercheurs à améliorer les cultures.

Date de publication

2019-01-01