Geography and agronomical practices drive diversification of the epiphytic mycoflora associated with barley and its malt end product in western Canada

Le microbiote des grains de céréales comprend une mycoflore qui correspond souvent aux conditions environnementales dans lesquelles les céréales ont été cultivées. Certaines de ces conditions peuvent nuire à la salubrité et à la qualité des grains au point de les rendre invendables à l’exportation ou inutilisables à la fin à laquelle ils étaient destinés. Dans cette étude, nous avons appliqué le pyroséquençage 454 à l’espaceur transcrit interne (ITS) de l’ADNr pour étudier les effets de la méthode et de la date de récolte sur la mycoflore épiphyte naturellement associée aux grains d’orge. Nous avons recueilli 64 échantillons d’orge durant deux saisons de croissance (2011 et 2012) à six endroits dans l’Ouest canadien. Huit de ces échantillons recueillis en 2011 ont été maltés avant d’être soumis à l’analyse métagénomique (axée sur des amplicons) du microbiote. Nous avons groupé 885 084 séquences de l’ITS1 et 618 265 séquences de l’ITS2 en respectivement 754 et 769 unités taxonomiques opérationnelles (UTO) à un seuil de similarité de 97 % et les avons classées en fonction de la base de données de référence UNITE sur les séquences des ITS des champignons. Nous avons observé pour chaque échantillon entre 76 et 275 UTO pour l’ITS1 et entre 51 et 260 UTO pour l’ITS2. La communauté fongique de base était constituée de levures ou champignons levuroïdes largement répandus (p. ex. Cryptococcus) et de genres comprenant des espèces couramment associées à des plantes (p. ex Alternaria et Epicoccum), y compris d’importants pathogènes comme des Fusarium spp. et des Pleospora spp. Nous avons déterminé que la situation géographique des sites d’échantillonnage constitue le facteur qui explique le mieux les différences observées entre les communautés fongiques sur l’orge récoltée dans l’Ouest canadien. L’andainage et la récolte au bon moment ont permis de réduire la charge microbienne des grains d’orge. Le maltage a favorisé le développement de certains genres fongiques, notamment des Fusarium et des Alternaria, dont la biomasse a augmenté. Comme ce phénomène pourrait nuire à la qualité d’utilisation finale de l’orge maltée, il faut gérer le risque de contamination fongique de façon plus proactive.