Genetic mapping in grapevine using SNP microarray intensity values

Des puces de génotypage sont couramment utilisées pour la cartographie génétique, mais chez les organismes hautement diversifiés, la qualité des appels de SNP peut être réduite par la variation génétique près du nucléotide analysé. Pour pallier cet inconvénient chez la vigne, nous avons mis au point une heuristique simple qui utilise l’intensité de l’hybridation pour établir une carte génétique des phénotypes sans avoir à distinguer entre les différents polymorphismes. Nous avons appliqué cette approche à la cartographie de trois caractères qui avaient déjà été cartographiés, chacun étant régulé par un seul locus à effet majeur—couleur, sexe de la fleur, résistance à l’oïdium—et nous avons pu confirmer que, dans tous les cas, l’intensité de l’hybridation est plus fiable que l’appel de SNP. De plus, étant donné que le coût par échantillon est un frein important à l’utilisation de biopuces de génotypage en recherche génétique appliquée et en sélection végétale, nous avons vérifié combien il fallait d’échantillons pour cartographier un caractère mendélien dans une population de raisins F1. En fait, il suffit d’aussi peu que 12 échantillons pour pouvoir identifier la région génomique d’un caractère. Pour les espèces hautement diversifiées pour lesquelles il existe des puces de génotypage ou pour lesquelles des puces sont en cours de mise au point, nos résultats révèlent une approche fiable et économique pour identifier des QTL à effet majeur, lorsque la qualité des SNP laisse à désirer.