Features of a unique intronless cluster of class I small heat shock protein genes in tandem with box C/D snoRNA genes on chromosome 6 in tomato (Solanum lycopersicum)

On a montré, chez les plantes, qu’il y avait des regroupements de gènes, mais on en sait peu sur les différentes fonctions de ces regroupements, particulièrement chez la tomate. Nous avons cloné le gène d’une petite protéine de choc thermique de classe I, Sl17.6 shsp, et l’avons utilisé comme sonde pour analyser une banque génomique de la tomate (Solanum lycopersicum). Nous avons isolé et séquencé un fragment génomique de 8,3 kb, dans lequel nous avons constaté la présence de cadres de lecture ouverts sans introns pour trois gènes shsp de classe I : Sl17.6, Sl20.0 et Sl20.1. Le gène Sl17.6 était flanqué des gènes Sl20.1 et Sl20.0, avec les régions 5′ et 3′ non codantes (UTR) complètes. Dans le groupe de gènes shsp, en amont du gène Sl20.0, se trouve une boîte C/D snoARN comprenant les gènes SlsnoR12.1 et SlU24a. Les boîtes C et D caractéristiques ainsi que C′ et D′ sont conservées chez SlsnoR12.1 et SlU24a, mais la région flanquante en amont de SlsnoR12.1 comporte des séquences cis analogues à celles des boîtes TATA 1, homol-E et homol-D, le promoteur TM6 et une EST de la tomate non caractérisée. La phylogénie moléculaire a révélé que cette disposition particulière des gènes shsp est conservée dans le génome de la tomate, mais qu’elle est différente de celle observée chez les autres espèces. La séquence génomique sans introns comprend aussi des éléments cis, connus pour réagir aux signaux des hormones végétales, à la dessiccation, au froid, à la chaleur, et aux facteurs de transcription MYC/MYB et WRKY71. La cartographie chromosomique a permis de localiser la séquence génomique sur le bras court du chromosome 6 de la tomate dans la lignée d’introgression (LI) 6-3. La PCR quantitative des gènes du groupe a révélé une expression différentielle durant le mûrissement du fruit et des quantités relativement différentes dans d’autres parties de la plante.