Extensive characterization of campylobacter jejuni chicken isolates to uncover genes involved in the ability to compete for gut colonization Microbial genetics, genomics and proteomics.

Contexte. Chez l’humain, la transmission de Campylobacter jejuni par les aliments cause une entérite. Cette bactérie est une colonisatrice notable de l’intestin du poulet, certaines souches étant capables d’en supplanter d’autres. Pour mieux comprendre ce phénomène, nous avons caractérisé la performance phénotypique des souches de C. jejuni du poulet afin d’associer leur aptitude à coloniser l’intestin à des gènes précis.

Résultats. Nous avons poussé la caractérisation d’isolats de C. jejuni (n  =  45) chez lesquels nous avions précédemment déterminé la présence de gènes liés à la colonisation et avons étudié les propriétés phénotypiques influant sur la colonisation, notamment l’autoagglutination et la chimiotaxie, ainsi que l’invasion des cellules cæcales primaires du poulet. C’est ainsi que nous avons pu classer les souches en fonction de leur performance in vitro. Après avoir confirmé in vivo leur capacité de supplanter d’autres souches, nous avons caractérisé les souches par comparaison de leur empreinte génomique. Les propriétés phénotypiques in vitro des souches testées ont révélé une variabilité linéaire. Les souches chez lesquelles l’indice des propriétés phénotypiques était plus élevé étaient capables de supplanter les autres souches pendant les essais de colonisation chez le poulet. Quand nous avons comparé le contenu génique des souches, certaines étaient associées à des indices phénotypiques différents, et donc à une capacité différente de supplantation. Les profils des empreintes génomiques ont révélé une grande variabilité génétique chez les souches étudiées et semblent indiquer que la capacité de supplantation des souches ne peut être prédite par le profil des empreintes génomiques.

Conclusion. Cette étude révèle un vaste éventail de phénotypes chez les souches de C. jejuni, même si elles provenaient toutes du cæcum de poulets. Chaque souche a été classée en fonction de son potentiel de compétitivité in vitro, et sa capacité de concurrence dans la colonisation de l’intestin du poulet a été associée à des gènes précis. Cette étude a également permis de révéler la disparité entre le type génétique des souches de C. jejuni et leur comportement phénotypique.