Examen sollicité : Application de la méta-omique pour comprendre la nature dynamique du microbiome ruminal et la façon dont il réagit au régime alimentaire chez les ruminants

Citation

Gruninger, R.J., Ribeiro, G.O., Cameron, A., McAllister, T.A. (2019). Invited review: Application of meta-omics to understand the dynamic nature of the rumen microbiome and how it responds to diet in ruminants, 13(9), 1843-1854. http://dx.doi.org/10.1017/S1751731119000752

Résumé en langage clair

Les ruminants sont les seuls animaux d’élevage capables de convertir efficacement les matières végétales en énergie pouvant servir à la croissance ainsi qu'à la production de viande et de lait. Ceci est dû à une relation symbiotique avec une communauté microbienne complexe dans le rumen qui comprend des bactéries, des archées méthanogènes, des champignons anaérobies et des protozoaires. Les microbes du rumen produisent des enzymes qui participent à la transformation des éléments nutritifs des aliments en acides gras volatils et en protéines microbiennes que l'animal utilise pour sa croissance. Au cours des 10 dernières années, il y a eu d’importants progrès dans le séquençage à haut débit et les analyses bioinformatiques, et ces progrès technologiques nous ont aidés à mieux comprendre comment la composition du microbiome ruminal influe sur les ruminants. Les efforts de séquençage commencent également à expliquer comment les changements dans le microbiome influent sur l’efficacité alimentaire, les émissions de méthane et la santé des animaux. Dans cet article, nous donnons un aperçu (1) de la façon dont les technologies de méta-omique ont été appliquées à la compréhension du microbiome du rumen et (2) de l’impact du régime alimentaire sur sa communauté microbienne.

Résumé

© 2019 The Animal Consortium Sa Majesté la Reine du chef du Canada, représentée par le ministre de l’Agriculture et de l’Agroalimentaire du Canada. Les ruminants sont uniques parmi les animaux d’élevage en raison de leur capacité à convertir efficacement les glucides de la paroi cellulaire des végétaux en viande et en lait. Cette capacité est le résultat de l’évolution d’une association symbiotique essentielle avec une communauté microbienne complexe dans le rumen qui comprend un grand nombre de bactéries, d’archées méthanogènes, de champignons anaérobies et de protozoaires. Ces microorganismes produisent un éventail varié d’enzymes qui transforment les aliments ingérés en acides gras volatils et en protéines microbiennes que l'animal utilise pour sa croissance. Les progrès récents du séquençage à haut débit et des analyses bioinformatiques ont permis de mettre en évidence des variations significatives de la composition du microbiome ruminal durant le développement du ruminant hôte et les changements de régime alimentaire. Ces efforts de séquençage commencent également à expliquer comment les variations du microbiome influent sur l’efficacité alimentaire. Dans cet article, nous donnons un aperçu de la façon dont les technologies de méta-omique ont été appliquées à la compréhension du microbiome ruminal et de l’impact du régime alimentaire sur sa communauté microbienne.

Date de publication

2019-09-01