Évaluation d’un système de tri des bovins d’engraissement amélioré par des données de génomique

Citation

Akanno, E.C., Ekine-Dzivenu, C., Chen, L., Vinsky, M., Abo-Ismail, M.K., Macneil, M.D., Plastow, G., Basarab, J., Li, C., Fitzsimmons, C. (2019). Evaluation of a genomic-enhanced sorting system for feeder cattle. Journal of Animal Science, [online] 97(3), 1066-1075. http://dx.doi.org/10.1093/jas/skz026

Résumé en langage clair

La présente étude a permis d’évaluer le recours aux valeurs génétiques moléculaires (VGM) des caractéristiques de la carcasse pour trier les bouvillons en groupes reposant sur une grille de qualité et le rendement en viande maigre à l’aide d’applications d’analyse génomique dans le cadre d’une gestion assistée par marqueurs. Des bouvillons Angus, Charolais et de race croisée ont été triés in silico en quatre groupes de VGM, soit celui de la qualité (rendement élevé en viande maigre, persillage élevé), celui de la viande maigre (rendement élevé en viande maigre), celui du persillage (persillage élevé) et le groupe « autre ». Le phénotype de la carcasse des bouvillons a été relevé au moment de l’abattage et nous avons évalué la concordance de ce phénotype avec celui que l’on a assigné aux groupes de VGM. Les résultats indiquent qu’en moyenne, le groupe de la qualité et celui du persillage présentaient une plus grande quantité de gras dorsal et de persillage dans les trois populations, alors que le groupe de la viande maigre était constitué de carcasses plus maigres. Le poids des carcasses était semblable dans tous les groupes de VGM. Dans les groupes, on a observé une baisse de la variabilité pour la plupart des caractéristiques, ce qui semble indiquer une amélioration de l’uniformité de la carcasse. Plus de 70 % des bouvillons du groupe de la qualité, de celui de la viande maigre et de celui du persillage satisfaisaient la grille de qualité et la cible Y1-RVM pour les races Angus et Charolais mais pas pour la race croisée. L’exactitude de la prédiction de la VGM variait de 0,43 à 0,59, ce qui indique que plus de 35 % de la variabilité des caractéristiques de carcasse observées peuvent être prédite, d’où le potentiel de la VGM comme marqueur ou outil de gestion assistée pour trier les bovins d’engraissement en groupes de carcasse uniforme dans un environnement et des conditions de gestion semblables. Il est nécessaire d’effectuer d’autres études pour évaluer le rendement des bovins d’engraissement triés selon les VGM et traités en fonction de différents paramètres liés à la carcasse, ainsi que les coûts et les avantages de l’exploitation des parcs d’engraissement. Ces travaux de recherche sont surtout importants pour le secteur des parcs d’engraissement. En effet, l’amélioration présumée de l’uniformité de la carcasse découlant de la gestion assistée par marqueurs peut réduire les inefficacités introduisant une variabilité du rendement des grands groupes de bovins en les regroupant de façon plus efficace en fonction de leur potentiel génétique, ce qui, par conséquent, entraîne une meilleure gestion de ces animaux grâce à des paramètres plus faciles à prédire et plus homogènes.

Résumé

© Les auteurs, 2019. Publié par Oxford University Press au nom de l’American Society of Animal Science. La présente étude a permis d’évaluer le recours à la valeur génétique moléculaire (VGM) des caractéristiques de la carcasse pour classer les bouvillons en groupes reposant sur une grille de la qualité et le rendement en viande maigre (RVM). Un ensemble de 2 609 animaux de génotype et de phénotype de carcasse connus ont servi à prédire la VGM du RVM et le degré de persillage (DP) de 299 bouvillons Angus, 181 Charolais et 638 Kinsella Composite à l’aide de la meilleure méthode de prédiction génomique linéaire non biaisée. Les bouvillons ont été triés in silico en quatre groupes de VGM, soit celui de la qualité (VGM supérieure à la moyenne du RVM et du DP), celui de la viande maigre (VGM supérieure à la moyenne du RVM mais inférieure ou égale à la moyenne du DP), celui du persillage (VGM supérieure à la moyenne du DP mais inférieure ou égale à la moyenne du RVM), et le groupe « autre » (VGM inférieur à la moyenne du RVM et du DP). Le phénotype de la carcasse des bouvillons a été relevé au moment de l’abattage et nous avons évalué la concordance de ce phénotype avec celui que l’on a assigné aux groupes de VGM à l’aide de statistiques descriptives et d’une analyse des moindres carrés. L’exactitude des prédictions relatives à la VGM a été évaluée à l’aide la corrélation de Pearson pour déterminer la corrélation entre la VGM prédite et le phénotype ajusté divisé par la racine carrée de l’héritabilité des caractères. La composition raciale par génomique a été prédite pour tous les bouvillons pour tenir compte d’une stratification possible de la population et des effets de la race sur le modèle à l’essai. Le nombre de bouvillons qui respectait le résultat attendu relativement à la carcasse a été compté pour produire des pourcentages réels pour chaque groupe de VGM. Les résultats indiquent qu’en moyenne, le groupe de la qualité et celui du persillage présentaient une plus grande quantité de gras dorsal et de persillage dans les trois populations, alors que le groupe de la viande maigre était constitué de carcasses plus maigres. Le poids des carcasses était semblable dans tous les groupes de VGM. Dans les groupes, on a observé une baisse de la variabilité pour la plupart des caractéristiques, ce qui semble indiquer une amélioration de l’uniformité de la carcasse. Plus de 70 % des bouvillons du groupe de la qualité, de celui de la viande maigre et de celui du persillage satisfaisaient la grille de qualité et la cible Y1-RVM pour les races Angus et Charolais mais pas pour la race Kinsella composite. L’exactitude de la prédiction de la VGM variait de 0,43 à 0,59, ce qui indique que plus de 35 % de la variabilité des caractéristiques de carcasse observées peut être prédite, d’où le potentiel de la VGM comme outil de gestion assistée par marqueurs pour trier les bovins d’engraissement en groupes de carcasse uniforme dans un environnement et des conditions de gestion semblables. Il est nécessaire d’effectuer d’autres études pour évaluer le rendement des bovins d’engraissement triés selon les VGM et traités en fonction de différents paramètres liés à la carcasse, ainsi que les coûts et les avantages de l’exploitation des parcs d’engraissement.

Date de publication

2019-03-01