Étude la diversité génétique et de la phylogénie des populations sud-africaines de Meloidogyne au moyen du génotypage par séquençage

© 2018, Le(s) auteur(s). Les espèces de Meloidogyne causent d’importantes pertes de récoltes dans le monde entier. Bien que la résistance génétique de la plante hôte soit une stratégie de lutte efficace pour réduire au minimum les dommages causés par Meloidogyne, certains gènes de résistance sont inefficaces contre des espèces virulentes comme Meloidogyne enterolobii. Il est donc essentiel de connaître en détail la composition génétique des espèces de Meloidogyne. Cette étude visait à recourir au génotypage par séquençage (GBS) et au séquençage de groupes d’échantillons (Pool-Seq) pour élucider la relation génétique entre les populations sud-africaines de M. enterolobii, de M. incognita et de M. javanica. Ainsi, 653 polymorphismes mononucléotidiques (SNP) communs ont été identifiés et utilisés pour comparer ces espèces sur le plan génétique. La fréquence des allèles de 34 SNP différait systématiquement entre les trois espèces de Meloidogyne étudiées. L’analyse en composantes principales et l’analyse phylogénétique ont regroupé les populations de M. enterolobii en un seul clade et montraient une relation éloignée avec les populations de M. javanica. Ces deux espèces partageaient également des liens génétiques avec les populations de M. incognita étudiées. Le GBS a été utilisé avec succès dans la présente étude pour identifier les SNP permettant de distinguer les trois espèces de Meloidogyne étudiées. Des allèles, présents uniquement dans le génome de M. enterolobii et situés dans des gènes intervenant dans la virulence chez d’autres espèces animales (ex. sérine/thréonine phosphatase et doigt de zinc) ont également été identifiés, ce qui accentue la valeur du GBS dans les études futures de cette nature.