Établissement du profil chimiotaxonomique des populations canadiennes d’Altenaria par spectrométrie de masse à haute résolution

© 2020, les auteurs. Titulaire de la licence : MDPI, Bâle, Suisse. On retrouve des phytopatogènes du genre Alternaria partout dans le monde, au champ et dans les conditions d’entreposage. Ces organismes entraînent la détérioration des aliments et produisent plusieurs classes de métabolites secondaires qui contaminent la chaîne de production alimentaire. Du point de vue de la salubrité des aliments, le principal défi que pose l’évaluation du risque de contamination par Alternaria est l’absence de consensus clair sur la taxonomie au niveau de l’espèce. De plus, il n’existe actuellement aucune méthode fiable de séquençage de l’ADN permettant de différencier le potentiel toxinogène de ces champignons. Notre objectif était de déterminer quelles espèces d’Alternaria existent au Canada et de décrire les substances qu’elles produisent. Nous avons donc établi le profil métabolomique par chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse à haute résolution (LC-HRMS) de 128 souches canadiennes d’Alternaria afin de déterminer leur chimiotaxonomie. Les souches d’Alternaria ont été analysées en fonction des composantes principales (ACP) et d’un groupement non biaisé des k moyennes pour identifier les métabolites présentant des différences significatives (p < 0,001) entre les groupes. Quatre populations ou « chimiotypes » ont été identifiés parmi les souches étudiées, et plusieurs métabolites secondaires connus d’Alternaria ont été identifiés comme étant des métabolites distinctifs, dont l’acide ténuazonique, les phomapyrones et l’alténuène. Même si la métabolomique n'a pas permis à elle seule une identification jusqu'à l’espèce pour tous les groupes, A. infectoria a pu être identifiée comme une population distincte.