Effets d’une souche de Carnobacterium maltaromaticum à des degrés de contamination naturels sur le microbiote de steaks de bœuf emballés sous vide pendant l’entreposage dans un endroit réfrigéré

Nous avons étudié l’impact d’une souche de Carnobacterium maltaromaticum à un degré de contamination naturel sur la dynamique du microbiote et la survie d’Escherichia coli O157:H7 et de Salmonella enterica sérotype Typhimurium sur le bœuf emballé sous vide et réfrigéré. On a observé une pointe de jusqu’à 2 log UFC/cm2 de C. maltaromaticum A5 sur des steaks de bœuf avec ou sans E. coli O157:H7 et S. Typhimurium. Les steaks ont été emballés sous vide et entreposés à 2 °C pendant 12 semaines. La dynamique du microbiote a été déterminée à l’aide de la méthode sur plaque et du séquençage des amplicons des gènes de l’ARNr 16S. Les espèces bactériennes prédominantes dans le microbiote final ont été déterminées à l’aide du séquençage complet du métagénome et du génome. La présence de C. maltaromaticum sur la viande inoculée a atteint un sommet pendant la semaine 2 (> 80 %), même si l’abondance relative initiale était aussi faible que < 1 %. L’abondance relative des Latilactobacillus indigènes était de 0,1 à 0,5 %, mais elle a graduellement augmenté pour atteindre de 75,7 à 100 % à la semaine 12, prenant la place des Carnobacterium. L’espèce prédominante dans le microbiote final a été identifiée comme étant Latilactobacillus sakei de la sous-espèce carnosus, qui abritait des groupes de gènes codant pour la sakacine G et une bactériocine putative de classe IIc. Aucun des deux agents pathogènes n’a été affecté par C. maltaromaticum A5. Dans l’ensemble, cette étude indique que la composition microbienne initiale joue un rôle important dans le devenir d’une souche introduite en laboratoire.