Effet de l’utilisation d’antimicrobiens dans les parcs d’engraissement de bovins classiques par rapport aux parcs naturels sur le microbiome et le résistome

Citation

Lee, C., Zaheer, R., Munns, K., Holman, D.B., Van Domselaar, G., Zovoilis, A., McAllister, T.A. (2023). Effect of Antimicrobial Use in Conventional Versus Natural Cattle Feedlots on the Microbiome and Resistome. Microorganisms, [online] 11(12), http://dx.doi.org/10.3390/microorganisms11122982

Résumé en langage clair

Dans cette étude, les chercheurs ont étudié les effets du recours à des antibiotiques dans l’industrie du bétail, en particulier dans les parcs d’engraissement de bovins de boucherie. Ils ont surtout comparé des bovins élevés de façon classique avec des antibiotiques et de ceux élevés naturellement sans antibiotiques. Ils ont fait appel à une méthode appelée métagénomique shotgun pour analyser le microbiome (microorganismes dans l’intestin), le résistome (ensemble de gènes résistants aux antibiotiques) et le mobilome (éléments génétiques qui peuvent migrer entre les organismes). Les résultats ont montré que chez les bovins élevés naturellement, il y avait une diminution importante de certains genres bactériens dans l’intestin par rapport aux bovins élevés de façon classique. Toutefois, cette différence n’a pas été observée dans les échantillons environnementaux prélevés dans les puisards. Le résistome au niveau de la classe (types de résistance aux antibiotiques) n’a pas présenté de différences significatives entre les deux pratiques des parcs d’engraissement. Dans les échantillons fécaux, l’étude a révélé une diminution des lectures de certains gènes résistants aux antibiotiques chez les bovins élevés naturellement. Il est intéressant de noter que les gènes résistants aux antibiotiques associés aux plasmides (structures génétiques qui peuvent se transmettre d’une bactérie à l’autre) étaient plus fréquents dans les matières fécales de bovins élevés de façon classique. Par ailleurs, les chercheurs ont aussi remarqué que les gènes de résistance aux macrolides étaient plus conservés dans les parcs d’engraissement naturels et classiques, qu’ils soient associés à un chromosome ou à un plasmide. En conclusion, les recherches laissent croire que les effets d’un recours aux antibiotiques dans le passé persiste dans le résistome des bovins, même après la cessation de l’utilisation dans les systèmes de production naturels. Ces travaux soulignent les effets à long terme de la sélection de génération en génération de gènes de résistance aux antibiotiques chez le bétail.

Résumé

L’utilisation d’antimicrobiens (UAM) dans l’industrie du bétail a été associée à des degrés accrus de résistance aux antimicrobiens. Récemment, il y a eu une augmentation du nombre de parcs d’engraissement « naturels » dans le secteur des bovins de boucherie élevés sans antibiotiques. La métagénomique « shotgun » a été utilisée pour caractériser les effets du recours aux antimicrobiens sur le microbiome, le résistome et le mobilome chez les bovins des parcs d’engraissement. Des échantillons de matières fécales séquencés ont révélé une baisse (q < 0,01) chez les genres Methanobrevibacter et Treponema dans le microbiome des bovins de parcs d’engraissement naturels par rapport à ceux de parcs d’engraissement classiques, mais cette différence n’a pas été observée (q > 0,05) dans les échantillons prélevés dans les puisards. Aucune différence (q > 0,05) n’a pas été constatée dans le résistome au niveau de la classe entre les différentes pratiques des parcs d’engraissement. Dans les échantillons de matières fécales, on a noté des diminutions des lectures des gènes résistants aux antimicrobiens (GRA) mefA, tet40, teto, tetQ et tetW. Les GRA associés à un plasmide étaient plus fréquents dans les matières fécales des bovins de parcs d’engraissement classiques que de parcs d’engraissement naturels. Fait intéressant, on a observé un plus grand nombre de gènes de résistance aux macrolides chromosomiques que plasmidiques dans les parcs d’engraissement naturels et classiques, ce qui donne à penser qu’ils étaient plus conservés que les principaux gènes de résistance à la tétracycline associés aux plasmides. D’après cette étude, les résistomes sélectionnés de génération en génération au fil des décennies en raison du recours aux antimicrobiens persistent même après un arrêt de l’utilisation dans les systèmes de production naturels.