Do TE activity and counteracting genome defenses, RNAi and methylation, shape the sex lives of smut fungi?

L’accès au génome de trois champignons qui causent le charbon et diffèrent par leur type de sexualité, leur charge de transposons et leurs mécanismes de défense du génome a permis une analyse comparative et une discussion sur les facteurs d’évolution ayant abouti à leur différenciation, qui semble résulter d’un ensemble complexe de facteurs de sélection agissant en équilibre. La sexualité bipolaire de l’Ustilago hordei favorise l’autogamie, avantageuse pour l’occupation d’une niche mais entraînant une accumulation d’ADN répétitif et notamment de transposons. L’activité des transposons peut avoir provoqué les variations génomiques dont ce parasite obligatoire a besoin lorsqu’il est soumis à d’intenses pressions de sélection. L’activité accrue des transposons est compensée par des mécanismes de défense du génome tels que la recombinaison, l’ARNi, la méthylation et les mutations ponctuelles induites par une répétition. Chez l’espèce à sexualité tétrapolaire U. maydis, en l’absence de silençage génique et sans doute de mécanismes de méthylation, le taux réduit d’autogamie favorise une élimination de l’ADN répétitif, probablement opérée par un système de recombinaison très efficace.