DNA barcoding of oomycetes with cytochrome c oxidase subunit I and internal transcribed spacer

On retrouve des oomycètes dans de nombreux milieux et plusieurs types de niches écologiques. Les genres Phytophthora et Pythium , par exemple, comprennent beaucoup d’espèces phytopathogènes qui infectent un vaste éventail d’hôtes. L’identification de l’espèce est donc la première étape essentielle d’une enquête portant sur des oomycètes dans le cadre d’une recherche ou d’un diagnostic durant une épidémie. L’utilisation d’ADN pour identifier les espèces d’oomycètes est bien établie, mais l’utilisation de codes-barres contenant la sous-unité I de la cytochrome c oxydase (COI) est un outil relativement nouveau qu’il faut évaluer par rapport à un nombre significatif d’échantillons de genres d’oomycètes. Dans l’étude présentée ici, nous avons séquencé le gène de la COI de 1205 isolats représentant 23 genres. Comparativement à l’espaceur interne transcrit (ITS) des mêmes isolats, l’utilisation de la séquence de la COI est une méthode pratique et complémentaire puisqu’elle fait appel à l’ADN mitochondrial plutôt que nucléaire. Dans certains cas, la COI était plus discriminante que l’ITS pour l’espèce, contrairement à la grande sous-unité ribosomique, avec laquelle il était plus difficile de distinguer les espèces d’un sous-échantillon d’isolats de la présente étude. Les résultats que nous décrivons ici montrent que le séquençage de la COI et la série de données qu’il génère constituent des ressources additionnelles pertinentes aux données taxinomiques existantes sur les oomycètes. De plus, tant la COI, le code-barres par défaut trouvé dans GenBank, que l’ITS, le code-barres accepté de facto par la communauté de mycologie, sont des outils acceptables et complémentaires pour l’identification des oomycètes.