Diversity of rumen bacteria in Canadian cervids

On s’intéresse de plus en plus aux bactéries qui dégradent les aliments lignocellulosiques dans le rumen en raison de leur utilité éventuelle dans des applications industrielles. Jusqu’à présent, la plupart des études ont porté sur les bactéries trouvées chez les ruminants domestiqués. Pour élargir notre connaissance de l’écologie microbienne des ruminants, nous avons examiné les populations bactériennes du rumen de ruminants non domestiqués au Canada. Nous avons utilisé le séquençage de nouvelle génération de l’ADNr de la sous-unité 16S pour caractériser les communautés bactériennes associées au liquide et aux solides du rumen chez le wapiti (Cervus canadensis) et le cerf de Virginie (Odocoileus virginianus). Malgré les différences entre les populations microbiennes d’un animal à l’autre, l’analyse en composantes principales et l’analyse UniFrac pondérée a montré que les communautés bactériennes du rumen du wapiti et du cerf de Virginie sont distinctes. Les populations étaient groupées selon l’animal hôte et non selon l’association avec la phase liquide ou solide du contenu ruminal. Dans tous les cas, les phylums Bacteroidetes et Firmicutes étaient dominants, même si leur abondance relative différait selon l’espèce de ruminant et selon les phases du digesta ruminal, respectivement. Chez le wapiti, Bacteroidetes était le phylum prédominant dans la phase liquide, tandis que Firmicutes était le phylum prédominant dans le digesta solide (P = 1×10−5). Nous avons également constaté des différences significatives dans l’abondance des UTO faisant partie des Fibrobacteres (P = 5×10−3) et des Spirochaetes (P = 3×10−4) dans les échantillons de digesta solide de wapiti. Nous avons identifié un certain nombre d’UTO qui étaient classées comme des phylotypes qui n’avaient pas encore été observés dans le rumen. Nos résultats semblent indiquer que la diversité bactérienne chez les ruminants sauvages de l’Amérique du Nord présente certaines similarités avec celle des ruminants domestiqués, bien que nous ayons observé quelques UTO qui n’avaient pas été décrites auparavant. Les études antérieures qui portaient principalement sur les ruminants domestiqués ne brossent pas un tableau complet de la diversité microbienne du rumen, et il faudrait d’autres études sur les ruminants non domestiqués pour obtenir une vue d’ensemble plus réaliste de cette diversité.