Dissipation of antimicrobial resistance determinants in composted and stockpiled beef cattle manure

Le compostage en andains et la mise en amas réduisent la viabilité des pathogènes et des résidus antimicrobiens dans le fumier. Cependant, les effets de ces pratiques de gestion du fumier sur la persistance des gènes codant la résistance antimicrobienne sont peu connus. Dans la présente étude, nous avons composté ou mis en amas sur une période de 102 jours du fumier de bovins ayant reçu 44 mg de chlortétracycline kg‑1 d’aliments (en poids sec) [CTC], 44 mg de CTC et 44 mg de sulfadimidine kg‑1 d’aliments (CTCSDM) ou 11 mg de tylosine kg‑1 d’aliments (TYL), et du fumier de bovins n’ayant reçu aucun antimicrobien (témoin). La température est demeurée supérieure ou égale à 55 °C pendant 35 jours dans le compost et 2 jours dans les amas. Nous avons eu recours à la PCR quantitative pour mesurer la concentration des gènes de l’ARNr 16S et des déterminants de la résistance à la tétracycline (tetB, tetC, tetL, tetM, tetW), à l’érythromycine (ermA, ermB, ermF, ermX) et à la sulfadimidine (sul1, sul2). Après 102 jours, les gènes de l’ARNr 16S et tous les déterminants de résistance avaient diminué de 0,5 à 3 log10 copies par gramme de matière sèche. Le nombre de copies des gènes de l’ARN 16S a été touché (p < 0,05) par les antimicrobiens selon le classement suivant : témoin > CTC = TYL > CTCSDM. Comparativement au témoin, les antimicrobiens n’ont pas entraîné d’augmentation de l’abondance des gènes de résistance dans le fumier composté ou en amas, sauf en ce qui concerne les déterminants tetM et sul2 dans le fumier CTCSDM (p < 0,05). La baisse des gènes de l’ARNr 16S et des déterminants de la résistance a été plus importante (p < 0,05) dans le fumier composté que le fumier en amas. Nous en concluons que le compostage pourrait être plus efficace que la mise en amas pour réduire l’introduction de gènes de résistance antimicrobienne dans l’environnement avant l’épandage du fumier.
Idées principales :
• La dissipation des gènes de résistance aux antimicrobiens a été plus importante dans le fumier composté que le fumier en amas.
• Dans la plupart des cas, l’ajout d’antimicrobiens à la ration n’a entraîné aucune augmentation des gènes de résistance aux antimicrobiens dans le fumier.
• Les antimicrobiens ont modifié le nombre de copies des bactéries dans le fumier.
• Les gènes mesurés ont diminué de 0,5 à 3 log dans le fumier en amas et le fumier composté.