Development of a taqman real-time pcr assay for quantification of airborne conidia of botrytis squamosa and management of botrytis leaf blight of onion

Nous avons étudié une méthode basée sur l’ADN pour mesurer l’inoculum aérogène de Botrytis squamosa, un pathogène qui endommage les cultures d’oignon. Nous décrivons une méthode qui consiste à purifier l’ADN de conidies prélevées à l’aide d’échantillonneurs à bras rotatif et à le mesurer à l’aide d’un essai de réaction en chaîne de la polymérase en temps réel (qPCR) avec sonde TaqMan. La sensibilité de l’essai de qPCR était élevée, avec un seuil de détection de 2 conidies/tige. Nous avons obtenu une relation linéaire entre le nombre de conidies dénombrées au moyen d’un microscope composé et celles déterminées au moyen de l’essai de qPCR. Nous avons utilisé l’analyse par la courbe caractéristique d’opération du récepteur pour déterminer la fiabilité des deux méthodes de détermination des conidies (examen au microscope et essai de qPCR) pour prédire le risque de maladie et déterminer s’il était inférieur ou supérieur au seuil de nocivité (Dth). Nous avons analysé en tout 142 échantillons d’oignon provenant de champs commerciaux. À des seuils de nocivité de 5 ou de 10 lésions/feuille, la mesure des conidies au moyen de l’essai de qPCR était plus fiable pour prédire le risque de maladie que la mesure des conidies basée sur la numération au microscope. La proportion de décisions où la maladie était présente et prédite était plus élevée dans le cas de l’essai de qPCR que dans le cas de la numération au microscope, avec des valeurs respectives à des seuils Dth de 5 et de 10 lésions/feuille de 0,95 et 0,89 d’une part et de 0,79 et 0,81 d’autre part. La proportion de décisions où la maladie était présente, mais non prédite était plus faible dans le cas de l’essai de qPCR que dans le cas de la numération au microscope, avec des valeurs respectives à des seuils Dth de 5 et de 10 lésions/feuille de 0,05 et 0,11 d’une part et de 0,20 et 0,19 d’autre part. Les résultats ont montré que ce nouvel essai de qPCR est fiable pour mesure l’inoculum aérogène de B. squamosa dans les champs d’oignons commerciaux et que la mesure moléculaire des conidies pourrait être utilisée dans le cadre d’un système de gestion du risque de brûlure de la feuille de l’oignon.