Development of a SNP genetic marker system based on variation in microsatellite flanking regions of Phytophthora infestans

Une méthode faisant appel à un marqueur moléculaire basé sur le polymorphisme d’un nucléotide simple (SNP), conçue pour l’identification de l’agent pathogène oomycète causant le mildiou sur les solanacées hôtes, Phytophtora infestans, a été développée en déterminant les séquences polymorphes des régions adjacentes aux microsatellites (MFR). Les MFR ont été identifiées en utilisant la séquence génomique entière de l’agent pathogène. Par la suite, les taux de SNP ont été évalués en séquençant 14 000 bases provenant de 32 MFR issus eux-mêmes d’un panel mondial et diversifié de 32 isolats. Les taux de SNP variaient considérablement d’un locus à l’autre, affichant une diversité nucléotidique oscillant de 0 à 0.013 (un changement par 78 paires de bases (pb) pour une moyenne de 0.0023 (un changement par 426 pb) chez tous les loci analysés (n = 28). Les estimations de la diversité nucléotidique sont très prudentes étant donné la rigueur et l’objectivité des règles appliquées lors de la lecture des SNP. En tout, 102 SNP ont été évalués en fonction de critères objectifs (versus 167 évalués « à l’oeil ») et permettaient de distinguer tous les isolats du panel, avec une similitude du pourcentage des paires chez les isolats variant de 58.5 % à 99.4 %. Les hétérozygoties observées et anticipées à la plupart des sites SNP étaient semblables. L’utilité d’un « code souche » pour le typage des souches basé sur au plus 19 SNP non liés a été étudiée. Lorsque les 19 SNP étaient inclus, la probabilité d’identité était très faible (PI = 3.5 × ⁻⁶). Toutefois, pour atteindre des probabilités d’identité d’environ 1 % et 0.1 %, seulement quatre et sept loci étaient requis, respectivement. L’approche doit être évaluée avec de plus grands panels d’isolats, mais les résultats suggèrent que les MFR et les SNP sont des sources largement inexploitées de séquences polymorphes permettant le typage des souches de microbes. De plus, ils pourraient servir en recherche sur l’écologie et l’évolution, particulièrement à l’aide de techniques de séquençage à haut débit.