Development of a real-time TaqMan PCR assay for the detection of porcine and bovine Torque teno virus

Objectifs. Notre étude visait à mettre au point et à perfectionner des outils moléculaires permettant de détecter la présence du Torque teno virus (TTV) chez les porcins et les bovins. Nous avons mis au point une épreuve de PCR en temps réel avec sonde TaqMan pour détecter les deux génogroupes du TTV. Méthode et résultats. Nous avons conçu des amorces et des sondes d’hybridation faites d’oligonucléotides dont la séquence a été déterminée par l’analyse de la région non codante, une région du génome hautement conservée. L’épreuve de PCR en temps réel a permis de détecter spécifiquement l’ADN TTV porcin et bovin sans amplification croisée d’autres pathogènes courants. Nous avons comparé notre épreuve à la PCR classique et à la PCR nichée pour la détection des génogroupes porcins 1 et 2, ainsi que du TTV bovin dans des échantillons de plasma et de matières fécales : notre épreuve s’est révélée plus rapide et plus fiable, et elle comportait un risque moindre de faux positif. Conclusions. Comparativement à la PCR classique, l’épreuve de PCR en temps réel a permis de mieux détecter les deux génogroupes du TTV tant chez les porcins que chez les bovins. Signification et impact de l’étude. Cette nouvelle PCR TaqMan s’avère un outil utile pour détecter les souches animales de TTV, évaluer la charge virale des animaux de même que pour vérifier la présence du TTV dans la filière agroalimentaire.