Development and evaluation of a multiplexed real-time TaqMan RT-PCR assay with a sample process control for detection of F-specific RNA coliphage genogroups I and IV

On s’inquiète de plus en plus de la transmission zoonotique de virus entériques animaux tels que le calicivirus, le virus de l’hépatite E et le rotavirus, qui sont étroitement apparentés à des souches pathogènes pour l’humain. La plupart des virus entériques sont détectés par des techniques moléculaires parce qu’ils ne peuvent pas être cultivés. Des substituts tels que les coliphages à ARN F peuvent être cultivés, mais il existe peu de méthodes moléculaires pour les détecter. Des épreuves individuelles de RT PCR en temps réel sur TaqMan ont été mises au point pour la détection du gène de la réplicase des coliphages à ARN F des génogroupes I et IV. Ces épreuves ont été multiplexées avec une épreuve de détection du calicivirus félin par RT PCR en temps réel sur TaqMan à titre de méthode type de contrôle des processus pour la détection et le dénombrement simultanés des coliphages à ARN F des génogroupes I et IV. Le génogroupe IV a pu être détecté avec l’épreuve multiplex dans 80 % des échantillons fécaux qui contenaient des concentrations de coliphages à ARN F ≥ 3,2 unités logarithmiques formant des plages (pfu). La concentration des coliphages à ARN F se situait au seuil ou sous le seuil de détection dans la plupart des échantillons fécaux lorsque les concentrations étaient ≤ 4 pfu logarithmiques/g.