Description et séquences complètes du génome de bradyrhizobium symbiodeficiens sp. Nov., une bactérie non symbiotique associée aux légumineuses indigènes du Canada

Citation

Bromfield, E.S.P., Cloutier, S., Nguyen, H.D.T. (2020). Description and complete genome sequences of bradyrhizobium symbiodeficiens sp. Nov., a non-symbiotic bacterium associated with legumes native to Canada. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology (IJSEM), [online] 70(1), 442-449. http://dx.doi.org/10.1099/ijsem.0.003772

Résumé en langage clair

Nous avons décrit une nouvelle espèce de bactérie d’importance agricole (biofertilisant) appelée Bradyrhizobium symbiodeficiens à l’aide d’analyses génomiques, taxonomiques et phénotypiques. Le séquençage complet du génome de la nouvelle bactérie a révélé l’absence des gènes clés de la photosynthèse, de la fixation de l’azote et de la symbiose. Ces données sont importantes pour les études sur l’évolution des gènes de la photosynthèse et de la symbiose chez les bactéries bénéfiques d’importance économique.

Résumé

© 2020, Société de microbiologie. Tous droits réservés. Quatre souches bactériennes isolées de nodules racinaires de soja ayant été inoculé avec de la terre de la zone racinaire d’Amphicarpaea bracteata (amphicarpe bractéolée) ou de Desmodium canadense (desmodie du Canada) poussant au Canada, ont été caractérisées et placées dans une nouvelle lignée.du genre Bradyrhizobium. Le statut taxonomique des nouvelles souches a été vérifié par des analyses génomiques et phénotypiques. L’analyse phylogénétique de séquences de gènes constitutifs individuels et concaténés (atpD, glnII, recA, gyrB et rpoB) a permis de placer toutes les nouvelles souches dans une lignée très bien définie, distincte des espèces nommées de Bradyrhizobium. Les données sur les similarités de séquence des gènes constitutifs concaténés des nouvelles souches par rapport aux souches types d’espèces nommées concordaient avec les données phylogénétiques. Les valeurs moyennes d’homologie nucléotidique des séquences génomiques (84,5 à 93,7 %) étaient inférieures au seuil limite de 95 à 96 % pour des espèces bactériennes. Les proches parents des nouvelles souches sont Bradyrhizobium amphicarpae, Bradyrhizobium ottawaense et Bradyrhizobium shewense. Les génomes complets des souches 85S1MBT et 65S1MB sont constitués de chromosomes uniques de 7,04 et 7,13 Mpb, respectivement. Les génomes des deux souches ont une teneur en G+C de 64,3 % en moles. Ces souches ne possèdent pas d’îlot de symbiose ni de gènes clés de nodulation, de fixation de l’azote et de photosystème. Les données de divers essais phénotypiques, y compris les caractéristiques de croissance et l’utilisation des sources de carbone, ont appuyé les analyses fondées sur la séquence. D’après les données présentées ici, les quatre souches représentent une nouvelle espèce pour laquelle on propose le nom de Bradyrhizobium symbiodeficiens sp. nov., et 85S1MBT (=LMG 29937T=HAMBI 3684T) comme étant la souche type.

Date de publication

2020-01-01