Conspecificity of daom 197198, the model arbuscular mycorrhizal fungus, with glomus irregulare: Molecular evidence with three proteinencoding genes

Citation

Sokolski, S., Dalpé, Y., Séguin, S.M., Khasa, D.P., Lévesque, C.A., et Piché, Y. (2010). « Conspecificity of DAOM 197198, the model arbuscular mycorrhizal fungus, with Glomus irregulare: molecular evidence with three protein-encoding genes. », Botany, 88(9), p. 829-838. doi : 10.1139/B10-050

Résumé

Les gènes nucléaires ribosomiques sont couramment utilisés pour l’identification moléculaire des champignons. Pour chaque espèce de Glomeromycota, on retrouve plusieurs copies de ces gènes et leur variation réduit considérablement leur efficacité. Une approche multigénique a été envisagée pour développer des outils moléculaires applicables à l’identification des espèces du genre Glomus. Trois gènes codants sont visés : facteur d'élongation 1-α (765 bp), V-H⁺-ATP synthase (VHA5) (1468 bp) et F0F1-ATP synthase sous-unité β (621 bp), ce dernier d’usage inédit chez les Gloméromycètes. Onze espèces incluant le spécimen-type de Glomus irregulare Blaszk., Wubet, Renker & Buscot, une souche originale de G. intraradices N.C. Schenck & G.S. Sm. (DAOM 225240) et cinq souches de Glomus sp. jusque-là identifiées au G. intraradices ont été analysées en fonction de ces gènes. Aucun polymorphisme génique intraspécifique n’a été relevé et les résultats montrent une relation directe entre l’identification moléculaire et la description morphologique. Les espèces aux morphologies sporales apparentées, soit G. aggregatum N.C. Schenck & G.S. Sm., G. diaphanum Morton & Walker, G. irregulare et Glomus sp. DAOM 197198 ont montré plus de 99 % de similitude nucléotidique, tandis que les espèces morphologiquement distinctes, soit G. cerebriforme McGee, G. clarum T.H. Nicolson & N.C. Schenck, G. claroideum N.C. Schenck & G.S. Sm., G. custos C. Cano & Dalpé, G. mosseae (T.H. Nicolson & Gerd.) Gerd. & Trappe et G. proliferum Dalpé & Declerck ont montré moins de 97 % de similitude nucléotidique pour au moins un gène. Un pointage parfait de 100 % de similitude moléculaire a été observé entre G. irregulare et Glomus sp. DAOM 197198, confirmant la nouvelle identité du champignon mycorhizien arbusculaire modèle. Les seuils de comparaison pour l'identification par séquençage d'ADN sont analysés.

Date de publication

2010-10-27

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