Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis
Citation
Li, C.L., Gu, L., Gao, L., Chen, C., Wei, C.Q., Qiu, Q., Chien, C.W., Wang, S., Jiang, L., Ai, L.F., Chen, C., Yang, S., Nguyen, V., Qi, Y., Snyder, M.P., Burlingame, A.L., Kohalmi, S.E., Huang, S.Z., Cao, X., Wang, Z.Y., Wu, K., Chen, X., et Cui, Y. (2016). « Concerted genomic targeting of H3K27 demethylase REF6 and chromatin-remodeling ATPase BRM in Arabidopsis. », Nature Genetics, 48(6), p. 687-693. doi : 10.1038/ng.3555
Résumé
Les remodeleurs de la chromatine de type SWI/SNF, comme la protéine BRAHMA (BRM) et les H3K27 déméthylases, jouent un rôle actif dans la régulation de l’expression génique au niveau de la chromatine1–5, mais on en sait très peu sur la manière dont ces substances sont amenées aux sites génomiques spécifiques où elles agissent. Avec ces travaux, nous montrons que la H3K27 déméthylase RELATIVE OF EARLY FLOWERING 6 (REF6) propre aux végétaux6 cible les locus du génome contenant un motif CTCTGYTY par l’intermédiaire de ses domaines en doigt de zinc et facilite le recrutement de BRM. Les analyses pangénomiques ont montré que la REF6 se retrouve avec la BRM à plusieurs sites génomiques ayant le motif CTCTGYTY. La perte de REF6 entraîne une occupation moindre de la BRM aux cibles communes BRM–REF6. De plus, la REF6 se lie directement au motif CTCTGYTY in vitro, et, in vivo, la délétion du motif d’un gène cible rend ce dernier inaccessible à REF6. Enfin, nous montrons que lorsque son domaine en doigt de zinc est éliminé, REF6 perd sa capacité de ciblage génomique. Nous avons donc découvert un nouveau mécanisme de ciblage génomique pour la H3K27 déméthylase et démontré son rôle dans le recrutement de la protéine de remodelage de la chromatine BRM.