Comparison of three typing methods for evaluating the diversity of pseudomonas fluorescens in the rhizosphere

Les pseudomonades ont une grande importance environnementale, car elles comprennent des espèces pathogènes pour les humains et les animaux, des souches capables de dégrader des xénobiotiques, des promoteurs de la croissance végétale ainsi que des agents de lutte biologique contre des organismes nuisibles. Dans les travaux présentés ici, nous évaluons l’utilité de trois méthodes de typage pour l’étude de la diversité des communautés microbiennes. Nous avons utilisé 143 souches de pseudomonades fluorescentes isolées de parcelles servant à la rotation des cultures maïs-avoine-luzerne-luzerne au Canada. Les méthodes de typage employées étaient les suivantes : amplification par PCR d’éléments répétitifs (rep-PCR) avec des amorces BOX et ERIC (pour Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus); une autre nouvelle méthode de PCR fondée sur l’utilisation d’une polymérase artificielle et de « mini-amroces » à 10 nucléotides permettant d’étendre la portée des séquences détectables au-delà de celle des méthodes habituelles faites avec des amorces plus longues et la polyméraseTaq. L’analyse typologique des résultats montre clairement que les groupes peuvent être répartis en deux grandes classes correspondant aux variations morphologiques. La rep-PCR s’est révélée hautement discriminante, un outil intéressant pour la définition ou le génotypage des espèces bactériennes. Nous avons conclu que l’utilisation combinée des amorces Box et Eric ainsi que des mini-amorces permet d’obtenir rapidement des résultats fiables pour distinguer les isolats de P. fluorescens dans le cadre d’études épidémiologiques.