Comparative evaluation of new TaqMan real-time assays for the detection of hepatitis A virus

Nous avons mis au point et évalué trois nouveaux essais RT-PCR TaqMan en temps réel ciblant la région 5’UTR ainsi que la région de la protéase et de la polymérase du virus de l’hépatite A (HAV) et nous les avons comparés à une épreuve TaqMan 5’UTR (JN) publiée tout récemment de même qu’à une RT-PCR classique couramment employée (HAVc). Tous les essais évalués, RT-PCR classiques (HAV, SH-Prot et SH-Poly) et RT-PCR TaqMan (SH Prot, SH-Poly, JN et SH-5U), ont permis de détecter les trois souches de HAV utilisées (HM 175, HAS 15 et LSH/S), tous les essais étaient reproductibles pour les deux copies d’ARN, sauf en ce qui a trait aux deux systèmes 5’UTR en temps réel (JN et SH-5U), où des différences de reproductibilité ont été observées. Les limites de détection pour les systèmes classiques de RT-PCR (HAV, SH-Prot et SH-Poly) étaient équivalentes pour des suspensions diluées de la souche HM-175. En outre, bien que les quatre essais de RT-PCR TaqMan en temps réel évalués ici aient produit des résultats quantitatifs similaires et cohérents quant à l’équivalent génomique des amplicons clonés, nous avons observé des différences significatives et importantes en ce qui a trait à la détection de l’ARN génomique du HAV. Les résultats de notre étude montrent en effet que les nouveaux systèmes d’amorces et de sondes SH-Poly et SH Prot pour la RT-PCR TaqMan en temps réel sont plus cohérents et plus sensibles (d’un facteur de 5 logs) que les deux systèmes 5′UTR (JN et SH-5U) utilisés pour détecter l’ARN génomique du HAV ou pour déceler un effet cytopathologique dans une culture de cellules. Étant donné leur plus grande sensibilité, les systèmes d’amplification SH-Poly et SH-Prot pourraient constituer des outils précieux pour la détection du HAV dans des échantillons cliniques, environnementaux et alimentaires.