Comparative analysis of different TaqMan real-time RT-PCR assays for the detection of swine Hepatitis e virus and integration of Feline calicivirus as internal control

Objectifs. Cette étude visait à comparer la performance de quatre essais TaqMan RT PCR à une PCR nichée couramment utilisée et à inclure dans les essais le calcivirus félin (FCV) comme témoin interne. Méthode et résultats. L’ARN extrait de 87 échantillons de matières fécales porcines et de 103 échantillons de sang de porcins a fait l’objet de différents systèmes de détection. Les échantillons analysés comprenaient des matières fécales naturellement contaminées par le virus de l’hépatite E (HEV) ainsi que des échantillons négatifs dans lesquels nous avions ajouté 3,2 × 10³ UFP de FCV. Nous avons obtenu les résultats de détection suivants avec les échantillons de matières fécales et de plasma : 35,6 % et 4,9 % avec la RT PCR nichée; 8,0 % et 0 %, 0 % et 0 %, 13,8 % et 0 %, ainsi que 36,8 % et 3,9 % avec les systèmes de TaqMan A, B, C et D, respectivement. Les moyennes des Ct obtenues avec la TaqMan multiplexe étaient de 30,11 et de 30,43, respectivement, pour la détection du FCV dans les échantillons contaminés au HEV et dans les échantillons négatifs. Conclusions. Le système TaqMan D convenait mieux à la détection des souches porcines de HEV que les trois autres, et le FCV a été intégré avec succès comme témoin interne. Importance et impact de l’étude. Nous avons montré que le FCV est un témoin efficace pour la vérification des processus d’extraction de l’ARN et d’amplification du HEV dans un essai multiplexe HEV/FCV TaqMan. L’utilisation de ce témoin pourrait aider à limiter les faux négatifs.