Comparaison des stratégies d'isolement des bactéries anaérobies de l'intestin porcin
Citation
Moote, P.E., Bescucci, D.M., Polo, R.O., Uwiera, R.R.E., Inglis, G.D. (2021). Comparison of Strategies for Isolating Anaerobic Bacteria from the Porcine Intestine. Applied and Environmental Microbiology, [online] 87(9), 1-23. http://dx.doi.org/10.1128/AEM.00088-21
Résumé en langage clair
Les résultats de cette étude montrent qu'il faut une combinaison de méthodes d’isolement (c.-à-d. culturomique) pour optimiser la diversité des bactéries récupérées de l’intestin des mammifères monogastriques. Traditionnellement, les méthodes d’ensemencement direct ont été utilisées pour isoler les bactéries entériques, mais les méthodes récentes (ex. Ichip ou isolement différentiel des bactéries productrices d’endospores) sont considérées comme supérieures pour accroître la diversité, y compris pour récupérer des taxons n’ayant encore jamais été cultivés. Nous avons montré que l’enrichissement à long terme des échantillons à l’aide de divers milieux permet d’isoler les bactéries les plus diverses et les plus nouvelles. L’application de la méthode Ichip adaptée à l’isolement des bactéries entériques a permis d’obtenir une diversité de bactéries similaire aux méthodes d’enrichissement et d’ensemencement direct. Les méthodes qui sélectionnaient les bactéries formatrices d’endospores ont généré des collections dont la composition différait, mais dont la diversité était réduite. Cependant, le traitement à l’éthanol a souvent permis d’isoler de nouvelles bactéries. En utilisant une combinaison de méthodes, nous avons généré une collection diversifiée de bactéries entériques pour des expériences auxiliaires.
Résumé
L’isolement des bactéries représentatives de la diversité des taxons autochtones dans le tractus gastro-intestinal est nécessaire pour en vérifier pleinement la fonction, mais la majorité des espèces bactériennes vivant dans l’intestin des mammifères sont difficiles à isoler. Cette étude visait à isoler un assemblage diversifié de bactéries de l’intestin du porc en tant qu’animal modèle et à comparer différentes stratégies d’isolement nouvelles et classiques. Les méthodes employées comprenaient l’enrichissement à long terme, l’ensemencement direct, une puce d'isolement (Ichip) conçue pour l’isolement des bactéries entériques, ainsi que le traitement à l’éthanol et la tyndallisation des échantillons pour sélectionner les taxons formant des endospores. En tout, 359 taxons (120 n’ayant jamais été cultivés) comprenant 80 genres et sept embranchements ont été isolés d’échantillons de la muqueuse et de la lumière de l’iléon, du caecum, du côlon ascendant et du côlon spiral. La plus grande diversité de bactéries a été obtenue avec des enrichissements à long terme (indice de Shannon [IS] = 4,7). Les méthodes conçues pour isoler les bactéries productrices d’endospores ont produit la plus faible diversité (SI 2,7), la tyndallisation donnant une diversité plus faible que la méthode à l’éthanol. Toutefois, la fréquence d’isolement de bactéries qui n'avaient encore jamais été cultivées (< 97 % de similarité avec les taxons du Ribosomal Database Project) était la plus élevée pour les échantillons traités à l’éthanol (41,9 %) et la méthode Ichip (32,5 %). L’objectif de récupérer une collection diversifiée de bactéries entériques a été atteint. Fait important, les résultats de l’étude montrent qu’il faut utiliser une combinaison de méthodes pour isoler des bactéries représentatives de la diversité de l’intestin des mammifères.