Comparaison de techniques d’estimation des spores dormantes de Plasmodiophora brassicae dans le sol

Citation

Gossen, B.D., Al-Daoud, F., Dumonceaux, T., Dalton, J.A., Peng, G., Pageau, D., McDonald, M.R. (2019). Comparison of techniques for estimation of resting spores of Plasmodiophora brassicae in soil. Plant Pathology, [online] 68(5), 954-961. http://dx.doi.org/10.1111/ppa.13007

Résumé en langage clair

La hernie [Plasmodiophora brassicae] est une maladie importante du canola et d’autres plantes cultivées du genre Brassica. L’estimation exacte de la charge d’inoculum dans le sol est importante pour l’évaluation des risques pour le producteur lorsqu’il s’agit d’une culture sensible, mais aussi pour l’évaluation de techniques agronomiques telles que la rotation des cultures. Dans la présente étude, nous avons comparé cinq techniques moléculaires permettant d’estimer les spores dormantes de ce pathogène dans le sol : la réaction de polymérisation en chaîne quantitative (qPCR), la PCR compétitive avec témoin interne positif (CPIC-PCR), la PCR au monoazide de propidium (PMA-PCR), la PCR numérique par gouttelettes (ddPCR) et l’amplification isotherme de l’ADN par boucle (LAMP). Pour les techniques ddPCR et LAMP, des étalonnages ont été réalisés en utilisant du sol inoculé avec un nombre connu de spores au repos. La comparaison a été effectuée à l’aide d’échantillons de sol prélevés dans le cadre d’une étude de rotation à long terme à Normandin, au Québec, avec des répétitions de parcelles représentant des pauses de 0, 1, 2, 3, 5 et 6 ans après la culture de canola sensible infesté par la hernie. La CPIC-PCR et la ddPCR ont fourni des estimations reproductibles du nombre de spores au repos dans le sol par rapport aux estimations obtenues par qPCR ou par LAMP seulement. Chaque essai a fourni un profil similaire de concentration de spores dans le sol, ce qui corrobore la conclusion d’une étude antérieure à ce site selon laquelle le nombre de spores au repos diminuait rapidement au cours des deux premières années suivant une culture sensible, mais beaucoup plus lentement par la suite. Les estimations de la concentration de spores par CPIC-PCR se sont révélées très utiles, car elles tenaient compte des effets des inhibiteurs de la PCR, ce qui était particulièrement important au cours des deux années suivant la culture de canola sensible. La PMA-PCR a montré qu’une grande partie de l’ADN du pathogène détecté au printemps après une culture de canola sensible provenait de spores immatures ou non viable.

Résumé

© 2019, Sa Majesté la Reine du chef du Canada. La hernie (Plasmodiophora brassicae) est une maladie importante du canola (Brassica napus) et d’autres Brassicacées cultivées. L’estimation exacte de la charge d’inoculum dans le sol est importante pour l’évaluation des risques pour le producteur lorsqu’il s’agit d’une culture sensible, mais aussi pour l’évaluation de techniques agronomiques telles que la rotation des cultures. Dans la présente étude, nous avons comparé cinq techniques moléculaires permettant d’estimer les spores de P. brassicae au repos dans le sol : la réaction de polymérisation en chaîne quantitative (qPCR), la PCR compétitive avec témoin interne positif (CPIC-PCR), la PCR au monoazide de propidium (PMA-PCR), la PCR numérique par gouttelettes (ddPCR) et l’amplification isotherme de l’ADN par boucle (LAMP). Pour les techniques ddPCR et LAMP, des étalonnages ont été réalisés à l’aide d’échantillons de sol enrichis. La comparaison a été effectuée à l’aide d’échantillons de sol prélevés dans le cadre d’une étude de rotation à long terme à Normandin, au Québec, avec des répétitions de parcelles représentant des pauses de 0, 1, 2, 3, 5 et 6 ans après la culture de canola sensible infesté par la hernie. La CPIC-PCR et la ddPCR ont fourni des estimations reproductibles du nombre de spores au repos dans le sol par rapport aux estimations obtenues par qPCR ou par LAMP seulement. La CPIC-PCR a fourni la mesure la plus robuste de la concentration de spores, en particulier au cours des deux années suivant une culture de canola sensible, car elle corrigeait les effets des inhibiteurs de la PCR. La PMA-PCR a montré qu’une grande partie de l’ADN de P. brassicae détecté dans le sol après une culture de canola sensible provenait de spores immatures ou non viables. Chaque essai a fourni un profil similaire de concentration de spores dans le sol, ce qui corrobore la conclusion d’une étude antérieure à ce site selon laquelle le nombre de spores au repos diminuait rapidement au cours des deux premières années suivant une culture sensible, mais beaucoup plus lentement par la suite.

Date de publication

2019-06-01

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