Communautés fongiques mycorhiziennes à arbuscules semblables chez 31 cultivars de blé dur (Triticum turgidum L. var. durum) en conditions de plein champ dans l’est du Canada

© Copyright © 2020 Stefani, Dupont, Laterrière, Knox, Ruan, Hamel et Hijri. Le blé est l’une des principales cultures exploitées par les humains, dont les efforts de sélection ont permis d’obtenir une diversité de génotypes aux caractères contrastants. La présente étude visait à déterminer si différents anciens et nouveaux cultivars de blé dur (Triticum turgidum L. var. durum) recrutent des communautés de champignons mycorhiziens à arbuscules (CMA) spécifiques des populations indigènes de CMA du sol. Un ensemble historique de cinq races locales et de 26 cultivars de blé dur a été cultivé au champ dans un climat humide de l’est du Canada, dans des conditions où la teneur en phosphore était limitée. Pour caractériser la communauté des CMA présents dans le sol, la rhizosphère et les racines, nous avons utilisé un séquençage d’amplicons MiSeq ciblant le gène de l’ARNr 18S (SSU) sur des ADN totaux au moyen d’une approche de PCR nichée. La colonisation mycorhizienne a été estimée à l’aide de la coloration des racines et d’observations au microscope. Au total, 317 variants de séquence d’amplicons (ASV) ont été identifiés comme appartenant aux Glomeromycota. La communauté fongique principale des CMA (c.-à-d. les ASV présents dans plus de 50 % des échantillons) dans le sol, la rhizosphère et les racines comprenait 29, 30 et 29 ASV, respectivement. Les ASV des genres Funneliformis, Claroideoglomus et Rhizophagus représentaient respectivement 37 %, 18,6 % et 14,7 % des séquences récupérées dans l’ensemble de données raréfié. Les deux ASV les plus abondants présentaient une homologie de séquence avec les séquences 18S de cultures bien identifiées de Funneliformis mosseae BEG12 et Rhizophagus irregularis DAOM 197198 faisant partie d'un herbier, tandis que le troisième ASV le plus abondant appartenait au genre Paraglomus. Les cultivars n’ont montré aucune différence significative dans le pourcentage de colonisation des racines, allant de 57,8 % chez Arnautka à 84,0 % chez AC Navigator. Les cultivars étaient généralement associés à des communautés de sol, de rhizosphère et de racines similaires, mais l’abondance de F. mosseae, de R. irregularis et de Claroideoglomus sp. les séquences variaient dans Eurostar, Golden Ball et Wakooma. Bien que ces résultats aient été obtenus dans un essai au champ avec un pool de blé dur non restreint au moment de l’échantillonnage, il se peut que cette communauté ait filtré dans les biotopes. La faible variation génétique entre les cultivars de blé dur quant à la diversité de la symbiose à l’échelle de l’espèce laisse supposer qu’il n’est pas nécessaire d’affecter des ressources d’amélioration pour maximiser l’influence sélective de la plante par l’utilisation de méthodes classiques d’élaboration des génotypes.