Characterization of the resistome in manure, soil and wastewater from dairy and beef production systems

Certains pensent que les effluents des élevages d’animaux, comme les eaux usées, la poussière en suspension dans l’air et le fumier, augmentent la densité des bactéries résistantes aux antimicrobiens et des gènes de résistance dans l’environnement. Le risque pour la santé publique que présente cette densité accrue est difficile à quantifier avec les approches classiques de microbiologie. Nous avons utilisé le séquençage aléatoire de métagénomes pour obtenir la première description du résistome des effluents de la production de lait et de bœuf en Amérique du Nord et identifier les facteurs qui influent de manière significative sur celui-ci. Nous avons identifié 34 mécanismes de résistance aux antimicrobiens dans 34 échantillons de sol, de fumier et d’eaux usées de parcs d’engraissement, de ranchs et de fermes laitières. Dans tous les échantillons, la plupart des séquences associées à une résistance appartenaient aux mécanismes de résistance aux tétracyclines. Nous avons constaté que les échantillons provenant de ranchs contenaient significativement moins de mécanismes de résistance que ceux provenant de fermes laitières et de parcs d’engraissement, et que le résistome des fermes laitières était significativement différent de celui des parcs d’engraissement. Les résistomes du sol, du fumier et des eaux usées étaient différents, laissant supposer que la gestion de ces effluents devrait être adaptée en conséquence. En fournissant des données de base sur le résistome des effluents de la production bovine, cette étude s’inscrit comme un fondement aux futurs efforts visant à caractériser et à quantifier le risque pour la santé publique que peuvent présenter les effluents de l’industrie de l’élevage.