Characterization of chromosome-specific genomic DNA from hexaploid oat

Citation

Luo, X., Wight, C.P., Zhou, Y., et Tinker, N.A. (2012). « Characterization of Chromosome-Specific Genomic DNA from Hexaploid Oat. », Genome, 55(4), p. 265-268. doi : 10.1139/G2012-011

Résumé

Les auteurs ont séquencé, assemblé et caractérisé un jeu de clones génomiques issus d’une réduction de complexité à partir d’une banque spécifique du chromosome 18D chez l’avoine hexaploïde (Avena sativa L.). Les séquences de 314 clones ont été assemblés en 99 contigs de séquence identique ou presque. L’outil Censor a été employé pour identifier des régions similaires avec des séquences répétées connues et caractérisées qui sont répertoriées dans RepBase. Huit classes de séquences répétées étaient éparpillées au sein de 50 contigs, la plupart appartenant à sept classes de transposons ou rétrotransposons. Après avoir pris en compte les répétitions connues, des similarités avec des gènes orthologues d’autres espèces ont été identifiées au sein de 24 régions sur 22 contigs et 47 autres régions correspondaient à des régions génomiques de l’avoine et d’espèces apparentées. Ces résultats fournissent de l’information sur les types et la densité des éléments transposables au sein du génome de l’avoine, de même que sur le potentiel d’identifier des séquences uniques ou spécifiques d’un chromosome chez l’avoine. Globalement, ces résultats annoncent qu’il sera difficile d’identifier des régions codantes spécifiques d’un chromosome chez l’avoine en procédant par isolement de chromosomes suivi de réduction de complexité.

Date de publication

2012-04-01