Characterisation of antagonistic Bacillus and Pseudomonas strains for biocontrol potential and suppression of damping-off and root rot diseases

Nous avons observé, chez de nouvelles souches de rhizobactéries (Pseudomonas fluorescens Pf 9A-14, Pseudomonas sp. Psp. 8D-45 et Bacillus subtilis Bs 8B-1), une activité antagoniste à large spectre de même que la suppression de la fonte des semis et de la pourriture des tiges et du collet du concombre causées par le Pythium. Nous avons examiné plus en profondeur le potentiel de lutte de ces souches contre d’autres maladies des semis du concombre (Phytophthora capsici) et du radis (Rhizoctonia solani). Nous avons également caractérisé les souches en termes de production d’antibiotiques, de métabolites, de composés volatils, de phytohormones et d’enzymes lytiques. L’application des trois souches antagonistes sur des graines de concombre avant l’ensemencement, soit sous forme de suspension cellulaire, de formulation en poudre ou encore de tourbe irradiée dans un mélange de culture infecté par le champignon, a donné lieu à une forte suppression de la fonte des semis et de la pourriture des tiges et du collet du concombre causées par le Phytophthora (66–85 % des graines en bonne santé), ainsi qu’à une suppression relativement faible de la fonte des semis du radis (18–38 % des graines en bonne santé). Les traitements bactériens ont aussi résulté en des masses végétales fraîches plus hautes. L’enrobage des graines avec un mélange des trois bactéries sur de la tourbe irradiée a permis de mieux contrer la fonte des semis et la pourriture des tiges et du collet du concombre causées par le Phytophthora et d’obtenir des masses végétales fraîches beaucoup plus hautes. La présence de gènes de biosynthèse de l’acide phénazine-1-carboxylique, du 2,4-diacétylphloroglucinol, de la pyrrolnitrine et de la pyolutéorine a été confirmée chez les souches de Pseudomonas, tout comme la présence de gènes de biosynthèse de la fengycine, de la bacillomycine, de la bacilysine, de la surfactine et de l’iturine A, chez B. subtilis Bs 8B‑1. Les trois souches produisaient du HCN, de l’acide salicylique, de l’acide indole-3-acétique, des protéases et de la β-1,3-glucanase. Les deux souches de Pseudomonas produisaient des sidérophores, et seule la souche P. fluorescens Pf 9A-14 pouvait solubiliser le phosphate et hydrolyser la chitine. Les trois souches ont inhibé la croissance des pathogènes par la production de composés volatils, et la chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse a révélé la production de huit composés volatils chez Pf 9A-14, dix chez Bs 8B-1 et quatre chez Psp 8D-45. Certains de ces composés avaient une activité antifongique. Les activités antagonistes et stimulatrices de la croissance végétale de ces souches bactériennes pourraient être attribuables à la production d’antibiotiques, de métabolites, d’enzymes lytiques ou de phytohormones.