Cartographie fine d’un gène de résistance à la hernie des crucifères chez le chou chinois à l’aide de marqueurs SNP identifiés par séquençage de l’ARN des ségrégants en mélange

Citation

Huang, Z., Peng, G., Liu, X., Deora, A., Falk, K.C., Gossen, B.D., McDonald, M.R., Yu, F. (2017). Fine mapping of a clubroot resistance gene in Chinese cabbage using SNP markers identified from bulked segregant RNA sequencing. Frontiers in Plant Science, [online] 8 http://dx.doi.org/10.3389/fpls.2017.01448

Résumé en langage clair

La hernie des crucifères, causée par le Plasmodiophora brassicae, est une importante maladie du canola (Brassica napus) dans l’Ouest canadien et dans le monde entier. Dans cette étude, nous avons identifié et cartographié avec précision un gène de résistance à la hernie (Rcr2) chez le cultivar du chou chinois « Jazz » au moyen de marqueurs de polymorphisme mononucléotidique (SNP) identifiés par séquençage de l’ARN des ségrégants en mélange (séquençage BSR), et des marqueurs moléculaires ont été mis au point pour une utilisation avec les techniques de sélection appuyées par une technologie de marqueurs. Au total, 203,9 millions de lectures brutes ont été générées à partir d’un échantillon combiné « résistant » (R) et d’un échantillon combiné « sensible » (S), et plus de 173 000 sites SNP polymorphes ont été identifiés entre les échantillons R et S. Un pic significatif a été observé entre 22 Mb et 26 Mb du chromosome A03, qui avait été prédit par séquençage BSR comme contenant le gène causal Rcr2. Un total de 490 sites SNP polymorphes ont été identifiés dans la région. Une population présentant une ségrégation des caractères, composée de 675 plantes, a été analysée sur 15 sites SNP de la région au moyen de la méthode de PCR compétitive spécifique des allèles, et le gène Rcr2 a été cartographié finement entre deux marqueurs SNP, SNP_A03_32 et SNP_A03_67, à 0,1 et 0,3 centimorgans du gène RCR2, respectivement. Cinq marqueurs SNP présentaient une co-ségregation avec le gène Rcr2 dans cette région. Des variants ont été identifiés pour 14 des 36 gènes annotés dans la région cible du gène Rcr2. Le nombre de variants polymorphes différait entre les gènes. Quatre gènes codent les protéines TIR-NBS-LRR et deux d’entre eux, Bra019410 et Bra019413, ont un nombre élevé de variants polymorphes et sont donc les candidats les plus probables du gène Rcr2.

Résumé

© Huang, Peng, Liu, Deora, Falk, Gossen, McDonald et Yu, 2017. La hernie des crucifères, causée par le Plasmodiophora brassicae, est une importante maladie du canola (Brassica napus) dans l’Ouest canadien et dans le monde entier. Dans cette étude, nous avons identifié et cartographié avec précision un gène de résistance à la hernie (Rcr2) chez le cultivar du chou chinois « Jazz » au moyen de marqueurs de polymorphisme mononucléotidique (SNP) identifiés par séquençage de l’ARN des ségrégants en mélange (séquençage BSR pour bulked segregant RNA), et des marqueurs moléculaires ont été mis au point pour une utilisation avec les techniques de sélection appuyées par une technologie de marqueurs. Au total, 203,9 millions de lectures brutes ont été générées à partir d’un échantillon combiné « résistant » (R) et d’un échantillon combiné « sensible » (S), et plus de 173 000 sites SNP polymorphes ont été identifiés entre les échantillons R et S. Un pic significatif a été observé entre 22 Mb et 26 Mb du chromosome A03, qui avait été prédit par séquençage BSR comme contenant le gène causal Rcr2. Un total de 490 sites SNP polymorphes ont été identifiés dans la région. Une population présentant une ségrégation des caractères, composée de 675 plantes, a été analysée sur 15 sites SNP de la région au moyen de la méthode de PCR compétitive spécifique des allèles, et le gène Rcr2 a été cartographié finement entre deux marqueurs SNP, SNP_A03_32 et SNP_A03_67, à 0,1 et 0,3 centimorgans du gène RCR2, respectivement. Cinq marqueurs SNP présentaient une co-ségregation avec le gène Rcr2 dans cette région. Des variants ont été identifiés pour 14 des 36 gènes annotés dans la région cible du gène Rcr2. Le nombre de variants polymorphes différait entre les gènes. Quatre gènes codent les protéines TIR-NBS-LRR et deux d’entre eux, Bra019410 et Bra019413, ont un nombre élevé de variants polymorphes et sont donc les candidats les plus probables du gène Rcr2.

Date de publication

2017-08-28

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