Caractéristiques structurales et diversité génétique des clones et des cultivars de bleuet (Vaccinium) par marqueurs EST-PCR et microsatellites

Citation

Tailor, S., Bykova, N.V., Igamberdiev, A.U., Debnath, S.C. (2017). Structural pattern and genetic diversity in blueberry (Vaccinium) clones and cultivars using EST-PCR and microsatellite markers, 64(8), 2071-2082. http://dx.doi.org/10.1007/s10722-017-0497-1

Résumé en langage clair

Les bleuets sont des baies qui favorisent la santé et qui sont économiquement importantes. L’analyse de l’ADN qui permet de distinguer les plants donne la possibilité de mettre au point des variétés nouvelles ou améliorées (cultivars) aux caractéristiques désirables. On a étudié les différences (variations) d’ADN dans 56 plants nains sauvages, trois variétés semi-naines (cultivars), un cultivar à corymbe, deux cultivars nains et une sélection naine. Les bleuets semi-nains sont des hybrides des bleuets à corymbe et des bleuets nains. On a sélectionné les bleuets nains dans des plants en germination de semences de Fundy. On a recueilli les bleuets nains sauvages dans les provinces canadiennes de Terre-Neuve-et-Labrador, de l’Île-du-Prince-Édouard, du Québec et du Nouveau-Brunswick. Les statistiques de l’ADN ont permis de répartir les sujets en cinq groupes correspondant à leurs lieux respectifs de prélèvement. Sur l’ensemble des différences génétiques observées, 33 % l’ont été entre les provinces, 23 % entre les communautés d’une même province et 44 % enfin entre les plants d’une même communauté. Il est évident que les plants de bleuets utilisés dans cette étude étaient très distincts les uns des autres. La disponibilité de différences détectables de l’ADN entre ces plants contribuera nettement au programme de production et de sélection de variétés (cultivars) de ce petit fruit. Cette recherche a eu lieu au Centre de recherche et de développement d’Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC) de St. John’s en collaboration avec l’Université Memorial de Terre-Neuve et le Centre de recherche et de développement de Morden d’AAC.

Résumé

Le bleuet (Vaccinium L, sct Cyanococcus Rydb) est une culture de petits fruits qui favorise la santé et est économiquement importante. On a fait porter une étude structurale de diversité et de parenté génétiques sur 63 clones et cultivars de bleuet sauvage à l’aide de 11 marqueurs de séquence exprimée (EST) et de réaction en chaîne par polymérase (PCR) et de 9 marqueurs microsatellites. On a constaté que les marqueurs étaient polymorphes. Ils ont détecté 249 allèles d’une teneur moyenne en information polymorphe de 0,80 pour l’EST-PCR et 164 allèles d’une teneur correspondante de 0,77 pour les marqueurs microsatellites. La puissance moyenne de résolution était de 4,6 pour les marqueurs EST-PCR et de 2,6 pour les marqueurs microsatellites. Les valeurs moyennes, tant prévues qu’observées, d’hétérozygosité, de coefficient d’apparentement et d’indice de Shannon étaient plus élevées pour les marqueurs EST-PCR que pour les marqueurs microsatellites. Les analyses de groupage à plusieurs variables du type « neighbor-joining » et en coordonnées principales ont permis de former cinq groupes et de grouper les génotypes selon leur lieu d’origine, résultats qui ont été confirmés par analyse de structure et de variance moléculaire. On a dégagé un taux de variation de 33 % entre les groupes géographiques, mais de 23 % entre les communautés de ces groupes et de 44 % entre les génotypes des communautés dans une analyse combinée. La disponibilité d’une haute diversité génétique parmi les clones sauvages contribuera grandement à la gestion du matériel génétique et à son utilisation dans le programme actuel d’amélioration du bleuet.

Date de publication

2017-12-01

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