Caractérisation physiologique et moléculaire des bactéries du compost ayant une activité antagoniste envers les phytopathogènes du sol

© 2017, Publié par les Presses scientifiques du CNRC. L’utilisation des composts suppresseurs pour lutter contre les agents phytopathogènes est une alternative ayant le potentiel d’atténuer les risques associés à l’emploi des pesticides chimiques. Les populations microbiennes des composts constituent l’une des principales caractéristiques responsables de leurs effets suppresseurs. Pour mieux comprendre les facteurs responsables de leurs effets suppresseurs, les composts ont été analysés afin (i) d’isoler et identifier les bactéries antagonistes bénéfiques, (ii) de quantifier leurs activités antifongiques et anti-oomycètes, (iii) d’extraire les composés inhibiteurs produits par les bactéries et (iv) d’identifier les lipopeptides antimicrobiens produits par ces bactéries. Les bactéries antagonistes appartenaient aux genres Arthrobacter, Pseudomonas, Bacillus, Brevibacillus, Paenibacillus et Rummeliibacillus, et elles avaient la capacité de contrer la croissance mycélienne de Fusarium sambucinum, Verticillium dahliae et (ou) Pythium sulcatum. Ces bactéries produisaient des composés antimicrobiens qui affectaient la croissance des mycéliums et (ou) la germination des conidies des agents pathogènes. Les analyses en spectrométrie de masse ont montré la présence de différents lipopeptides antimicrobiens dans des extraits de Bacillus et d’espèces apparentées à Bacillus, démontrant qu’ils sont, du moins en partie, responsables de l’activité antagoniste des bactéries. Les résultats de ce travail permettent un meilleur aperçu de certains des déterminants biologiques, biochimiques et physiologiques de l’effet suppresseur des composts sur les agents phytopathogènes.