Bradyrhizobium ottawaense sp. nov., A symbiotic nitrogen fixing bacterium from root nodules of soybeans in Canada

Nous avons vérifié la taxinomie de seize souches de bactéries symbiotiques des nodosités racinaires de plantes de Glycine max cultivées à Ottawa, au Canada, qui avaient été caractérisées et placées dans un nouveau groupe bactérien à l’intérieur du genre Bradyrhizobium. Pour cette vérification, nous avons utilisé une approche polyphasique pour caractériser les souches plus en détail. Chez toutes les souches, la séquence de l’ARNr 16S était identique, présentant une similarité de 99,79 % avec celle du plus proche parent, le B. liaoningense LMG 18230T. L’analyse phylogénétique des gènes concaténés atpD, glnII, recA, gyrB, rpoB et dnaK place les souches dans une lignée fortement appuyée, distincte de celle des espèces existantes de Bradyrhizobium, ce qui cadre avec les résultats de l’hybridation ADN-ADN. L’analyse de la séquence des gènes de symbiose nodC et nifH place les nouvelles souches dans un groupe phylogénétique comprenant cinq espèces de Bradyrhizobium qui forment des nodosités symbiotiques sur les racines du soja. La combinaison des caractéristiques phénotypiques de différents tests dont ceux sur les sources de carbone et d’azote utilisées, ainsi que d’autres sur la résistance aux antibiotiques pourraient servir à différencier les nouvelles souches de Bradyrhizobium des espèces connues. La souche représentative, OO99T, produit des nodosités fonctionnelles chez Glycine max, Glycine soja et Macroptilium atropurpureum, des nodosités partiellement fonctionnelles chez Desmodium canadense et Vigna unguiculata, mais non fonctionnelles chez Amphicarpaea bracteata et Phaseolus vulgaris. D’après les données, nous concluons que nos souches représentent une nouvelle espèce pour laquelle nous proposons le nom Bradyrhizobium ottawaense sp. nov., avec la souche OO99T (= LMG 26739 T, = HAMBI 3284T) comme souche type. La teneur en G+C de l’ADN est de 62,6 mol %.