Association of SNPs related to Johne’s disease with Holstein bulls EBVs for milk ELISA test scores
Citation
S. Mallikarjunappa, F. S. Schenkel, L. F. Brito, N. Bissonnette, K. G. Meade, F. Miglior, J. Chesnais, M. Lohuis, and N. A. Karrow. 2019. Association des SNPs à la maladie de Johne chez les taureaux Holstein pour lesquels la valeur estimée d'élevage pour le test ELISA du lait est utilisée.
Résumé en langage clair
La maladie de Johne (JD) est une maladie contagieuse et incurable causée par Mycobacterium avium subsp. paratuberculose (MAP). Puisqu'il n'y a actuellement aucun vaccin efficace ou options de traitement disponibles pour contrôler la JD, la sélection génétique de sujets potentiellement résistants est envisagée comme stratégie complémentaire pour diminuer l’incidence de la JD dans les troupeaux laitiers canadiens. Pour effectuer une sélection génétique, on doit d’abords identifier dans les gènes de vaches sensibles à l’infection des variations qu’on souhaite éliminer de la population. De nombreuses variations associées à l'infection ont été rapportées dans la littérature. L'objectif principal de cette étude était de valider ces variations précédemment identifiées en testant leur effet sur la descendance de taureaux Holstein en estimant la valeur d'élevage (EBV) à l’aide des données obtenues à partir du lait, soit par la présence d’anticorps contre le MAP dans le lait. Bien qu’il s’agisse d’un indicateur indirect du statut d'infection à MAP chez les bovins, l’analyse a permis d’identifier trois variations situées sur les chromosomes 16, 23 et 26. À l’aide d’outils génétiques additionnels (analyse de quasi-vraisemblance et analyse de régression), quatre variations furent identifiées, dont deux avec les deux approches et les deux autres situées sur les chromosomes 9 et 16. En conclusion, les résultats de cette étude valident l'association de variations connues avec le statut d'infection à MAP chez la race Holstein canadienne et soulignent la nécessité de pousser l’étude de l’impact de ces variations sur l’activité des gènes.
Résumé
La maladie de Johne (JD) est une maladie inflammatoire intestinale chronique causée par Mycobacterium avium subsp. infection paratuberculose (MAP) chez les bovins. Puisqu'il n'y a actuellement aucun vaccin et aucune option de traitement disponibles pour contrôler la JD, la sélection génétique peut offrir une alternative pour améliorer la résistance à la JD. De nombreux polymorphismes mononucléotidiques (SNP) se sont avérés être associés au statut d'infection par la MAP sur la base d'études publiées d'association pangénomique et de gènes candidats. L'objectif de cette étude était de valider ces SNP JD en testant leur association avec les valeurs d'élevage estimées (EBV) des taureaux Holstein canadiens. Un total de 500 taureaux ont été classés en groupes d'anticorps élevés et faibles (n = 250 dans chaque groupe) sur la base de leurs EBV pour les résultats des tests ELISA du lait, un indicateur indirect du statut d'infection à MAP chez les bovins. Les deux groupes ont ensuite été génotypés à l'aide d'un panel SNP personnalisé comprenant 155 des SNP JD les plus importants rapportés dans la littérature, y compris des études utilisant des phénotypes autres que le lait ELISA pour définir les populations cas-témoins. L'analyse d'association à l'échelle du génome du General Quasi Likelihood Scoring (GQLS) basée sur la régression logistique a été utilisée pour effectuer la validation à l'aide du logiciel SNP1101. Trois SNP, rs41810662, rs41617133 et rs110225854, localisés sur les autosomes Bos taurus (BTA) 16, 23 et 26, respectivement, ont été confirmés comme étant significativement associés aux EBV des taureaux Holstein canadiens pour le statut d’infection à MAP (FDR <0,01). Ces résultats soulignent la nécessité d'étudier plus en détail les régions génomiques abritant ces SNP. Étant donné que la JD est une maladie polygénique, où le phénotypage précis des animaux infectés, résistants et exempts de maladie reste difficile, l'utilisation de SNP associés à la JD dans un programme d'élevage sélectif pour augmenter la résistance à l'infection à MAP devrait être précédée d'études de validation, de préférence dans des populations de bovins laitiers.