Association mapping of seed quality traits using the Canadian flax (Linum usitatissimum L.) core collection

L’huile de lin a des applications alimentaires et non alimentaires qui lui confèrent une grande valeur. Pour obtenir rapidement des graines de lin dont la teneur en huile et le profil d’acides gras répondent aux besoins du marché, nous devons bien comprendre l’architecture des locus quantitatifs (QTL) concernés, qui ont été peu étudiés jusqu’à maintenant. La cartographie d’association constitue une méthode efficace pour trouver les QTL dans des collections de matériel génétique. Dans le cadre de la présente étude, nous avons examiné la nature quantitative de certains caractères de qualité des graines, notamment les teneurs en huile (OIL), en acide palmitique, en acide stéarique, en acide oléique, en acide linoléique (LIO) et en acide linolénique (LIN) ainsi que l’indice d’iode, chez les 390 spécimens d’une collection de base de lins, au moyen de 460 marqueurs microsatellites. Nous avons cultivé les spécimens selon un dispositif enrichi modifié, dans deux localités, sur une période de 3 ans, et avons récolté pour ces six environnements les données phénotypiques visant les sept caractères étudiés. Nous avons observé une diversité phénotypique considérable et une héritabilité modérée à élevée dans le cas de chaque caractère (0,73 à 0,99). Les analyses multivariées ont montré que la plupart des QTL candidats étaient stables. Neuf QTL candidats ont été ciblés, allant de un dans le cas de la OIL à trois dans le cas de la LIO et de la LIN. Les QTL candidats pour la LIO et la LIN étaient colocalisés avec les QTL déjà identifiés dans des populations biparentales et avec certains gènes cartographiés à proximité qui interviennent dans la voie de synthèse des acides gras. Nous avons observé que 58 % des allèles de QTL étaient absents chez les cultivars canadiens, ce qui donne à penser que les spécimens de la collection de base possèdent des allèles de QTL qui pourraient être utiles pour l’amélioration des caractères de qualité des graines de lin. Les QTL candidats identifiés dans la présente étude fournissent les fondements nécessaires à la future sélection assistée par marqueurs visant le lin oléagineux.