Assemblage du génome du lin en chromosomes
Citation
You FM, Cloutier S (2019) Assembly of the Flax Genome into Chromosomes. In: Genetics and Genomics of Linum, Plant Genetics and Genomics: Crops and Models 23, Cullis CA (ed), Springer Nature, Switzerland, Chap 5, doi.org/10.1007/978-3-030-23964-0_5
Résumé en langage clair
Le lin, dont le nom latin Linum usitatissimum signifie le plus utile, est une plante rare qui offre deux produits importants. Les fibres extraites de ses tiges sont tissées en tissus durables ou transformées en divers produits non tissés. La graine de lin, riche en acides gras oméga-3, donne une huile très appréciée dans l'industrie alimentaire et nutraceutique ainsi qu'une huile industrielle pour la production de revêtements de sol en linoléum ou de peinture et d’encres, par exemple. Ici, nous avons produit la séquence complète du génome du lin par l'intégration de données de séquençage provenant de multiples technologies avec des cartes génétiques, physiques et optiques. Le résultat final de cette intégration multidimensionnelle est la production d'une séquence complète du génome correctement ordonnée et assignée aux 15 chromosomes du lin. Cet effort représente une amélioration majeure par rapport à l’assemblage initial du génome et promet d'être utile pour les études sur l’évolution du génome, les analyses génomiques comparatives, la recherche génétique et la sélection moléculaire.
Résumé
Le lin (Linum usitatissimum L., 2n = 2x = 30) offre deux produits importants : sa graine, riche en acides gras oméga-3 nutritionnels, et sa fibre, extraite de la paille, forte, durable et à haute résistance à la traction. L'identification et l'utilisation des gènes qui influent sur le rendement et la qualité de ces bioproduits devraient contribuer à l'amélioration du lin et d'autres espèces oléagineuses productrices de fibres. Les ressources génomiques, notamment une séquence de référence complète du génome du lin, promettent de faciliter ce processus. Le génome du lin a été séquencé, et la première ébauche de la séquence de référence a été publiée en 2012 (Wang et al. 2012). De plus, un grand nombre de ressources génomiques du lin ont été produites, comme des banques de chromosomes artificiels bactériens (BAC), une carte physique basée sur les BAC, des séquences d’extrémités de BAC (BES) (Ragupathy et al. 2011), une carte génétique basée sur des marqueurs microsatellites (Cloutier et al. 2012), une carte génétique à haute densité de SNP et une carte optique du génome BioNano (You et al. 2018). L'intégration de ces ressources génomiques a contribué à la validation et à l'ordonnancement de l'ébauche de la séquence de référence en chromosomes, ce qui a permis d'obtenir une séquence de référence de lin de meilleure qualité, utile pour les études sur l'évolution du génome, les analyses génomiques comparatives, la recherche génétique et la sélection moléculaire (You et al. 2018).